На очень религиозного Алексея Михайловича произвела большое впечатление смерть патриарха Иосифа – множество людей, при жизни патриарха искавших его милостей, даже не стали отпевать главу церкви, что было положено им «по чину». Патриаршие слуги и игумены просто разъехались по домам. Возможно, именно поэтому на патриарший престол был выдвинут «простой человек» Никита Минич, ставший патриархом Никоном. Воинственный ревнитель православия не смог унять свои вселенские амбиции, и его деятельность, чуть не разрушившая церковь, привела к Расколу.
Реформирование церкви и церковной жизни после ужасающей Смуты стало первостепенной государственной проблемой, царем, патриархом и руководством страны была сформулирована программа реформ – устные проповеди, устройство странноприимных домов, приютов для сирот, закрытие кабаков, исправление обрядов и богослужебных книг. Суть церковной реформы изменил патриарх Никон, попытавшийся сделать из нее средство для возвышения церковной власти в стране, уравняв ее с властью царской. «Церковь не стены каменные, но каноны и пастыри духовные» – говорил Никон. Начав с нравственного очищения государственной и общественной жизни, патриарх стал подчинять русский церковный обряд греческому. С.Ф. Платонов писал о деятельности Никона и причинах раскола:
«На Руси уже давно выработалось неприязненное и несколько высокомерное отношение к грекам. Когда пал Константинополь и подпавшее турецкому игу греческое духовенство стало являться на Русь за «милостыней» от московских государей, в русском обществе и литературе появилась и крепла мысль о том, что теперь значение Константинополя как первого православного центра должно перейти к Москве, столице единственного свободного и сильного православного государства. С чувством национальной гордости думали наши предки, что одна независимая Москва может сохранить и сохраняет чистоту православия и что Восток в XV веке уже не мог удержать этой чистоты и покусился на соединение с папой. И вдруг греческие иерархи становятся руководителями в деле исправления обрядов и книг Московской церкви. Людям, имевшим высокое представление о церковном первенстве Москвы, казалось, что привлечение иноземцев к церковным исправлениям должно было выйти из признания русского духовенства невежественным в делах веры, а московских обрядов – еретическими. Этим оскорблялась их национальная гордость и они протестовали против исправлений, исходя из этого оскорбленного национального чувства.
Все отступления Русской церкви от Восточной не восходили к догматам, были внешними, обрядными; но в глазах наших предков обряд играл большую роль, и всем этим отступлениям они придавали огромное значение, смотря на них, как на «ереси». Взгляд на старые русские обрядности как на ереси несомненно существовал в то время и сказался на соборе 1656 года. В свою очередь, в глазах поклонников старинной обрядности поправки Никона прямо были ересями, и протестовали эти люди против Никона именно потому, что он вводил «еретические» новшества.
После удаления Никона с патриаршего престола в 1658 году противодействие церковным реформам быстро разрастается. Протест против исправления, значительно подавляемый личными свойствами, громадной властью и влиянием Никона, становится с его удалением все яснее, смелее и настойчивее. Поддерживаемые сочувствием в обществе и бездействием властей, которые сквозь пальцы смотрели на деятельность расколоучителей, противники церковной реформы за время от 1658 до 1666 года действовали в Москве очень свободно. Первоначальный кружок противников Никона в это время перешел в целую партию противников церковных новшеств. Личные мотивы, много значившие в начале церковной распри, теперь исчезли и заменились чисто принципиальным протестом против изменений в обрядности, против новых ересей. Начинался раскол в Русской церкви.
В Соловецком монастыре еще с 1657 года обнаруживается резкое движение против «новин» и переходит в открытый бунт, подавленный только в 1676 году. Огромное нравственное влияние Соловков на севере Руси приводит к тому, что раскол распространяется по всему Северу. Писания расколоучителей расходятся быстро и читаются всеми.
Церковный собор 1666 года в Москве принципиально осудил раскол. Состоявшийся тотчас после этого собора «великий собор» с участием патриархов Александрийского и Антиохийского изрек анафему на тех, кто ослушается его постановлений и не примет нововведений Никона, хотя и осудил самого Никона. Эта анафема в истории нашего раскола получила большое значение. Ею все последователи старой обрядности поставлены были в положение еретиков. Тогда же эта анафема еще бесформенное движение сразу превратила в формальный раскол и вместо того, чтобы уничтожить смуту, только усилила и обострила ее. С той поры, с 1667 года, мы наблюдаем дальнейшее распространение раскола.