В январе 1653 года в Чичирине прошла Рада старшин украинского казачества – было решено просить царя о присоединении Украины к России. На Земском соборе в октябре 1653 года в Москве было принято решение о принятии Украине «под царскую высокую руку». Понеся тяжелые потери в войне с Польшей за Смоленск Россия решила наконец вернуть захваченные Польшей земли. Союз с Украиной давал России дорогу на Черное море и Балканский полуостров, в Западную Европу. В случае разгрома Богдана Хмельницкого начались бы опять постоянные набеги татар и нападения поляков на Московское царство. К тому времени Украина имела десятки тысяч опытных, лучших на востоке Европе воинов. Москва всегда платила военные долги, а долг Польши за вмешательство в Смуту был огромным. Пришло время вернуть его полякам.
Через месяц после окончания Земского собора московские послы были уже на границе украинских земель. Эта торопливость, несвойственная царской дипломатии, говорит о заинтересованности Москвы в украинских делах. Большую роль в решении России воевать с Польшей за Украину сыграли и амбиции недавно избранного патриарха Никона, желавшего руководить освобождением единоверцев и соединением их в Православном царстве под скипетром Романовых – и под своим духовным руководством.
8 января 1654 года Переяславская рада, на которой присутствовали гетман Б. Хмельницкий со всей старшиной, почти все полковники, около ста сотников и множество простых казаков, вынесла решение о присоединении Украины к России. Со времен Зборовского мира казаки получили свою, хотя и ограниченную территорию, ставшую основой для государственного строительства. Казацкая рада выбирала гетмана и утверждала направления внешней и внутренней политики. Аппаратом управления являлась рада старшин во главе с гетманом, которому помогали войсковой писарь, генеральный обозный, два есаула и два судьи – гетманское министерство управления страной. Главным советником Хмельницкого стал войсковой писарь Иван Выговский, организатор и начальник генеральной канцелярии, в которой сходились все нити управления внутренними и внешними делами.
Украину поделили на полки и сотни. Полковники и сотники имели военную и гражданскую власть, в городах действовало магдебургское право. Полки располагались в Чичирине, Черкассах, Белой Церкви, Корсуни, Умани, Брацлаве, Слуцке, Киеве, Переяславле, Острее, Крапивном, Миргороде, Полтаве, Лубнах, Прилуках, Гадяче, Нежине, Чернигове, Стародубе и Почепе.
В марте 1654 года посольство Б. Хмельницкого в Москве договорилось об условиях, которые определяли внутренний строй Украины и ее отношения к царю – казаки сами избирали гетмана; реестр казаков был установлен в 60 000; гетман сохранял право дипломатических отношений со всеми государствами, кроме Турции и Польши, но с обязательством уведомлять царя, если послы от других стран прибудут с «противным делом». Подтверждались права митрополита и духовенства. Особыми грамотами подтверждались сословные привилегии шляхты и права отдельных городов. Присягнуть Москве отказалось несколько полковников во главе с Иваном Богуном, что сильно мешало Богдану Хмельницкому.
Выдающиеся историки присоединение Украины к России называют по-разному – унией, союзом, конфедерацией, автономией, вассальными отношениями, протекторатом. Оригиналы документов о Пореяславской Раде давно утрачены, сохранились лишь неточные копии и пересказы, частично сфабрикованные и сфальсифицированные вездесущими дьяками. Украина после 1654 года все же осталась отдельным государством под верховным протекторатом царя. Судьба Украины стала неразрывно связана с судьбой России.
С 1654 года прекратились религиозные гонения, а вместе с тем и покушения на полное подавление национальной самобытности украинского народа, который спас себя от политической и национальной гибели. Недаром, спасаясь от польской оккупации, украинцы шли в пределы Московского царства. Господство султанской Турции или шляхетской Польши над Украиной стало бы гибелью для украинского народа. Само Московское правительство считало, что договор с Украиной действовал только на время жизни Богдана Хмельницкого, и возобновляло его с каждым новым украинским гетманом, каждый раз внося в него изменения в свою пользу. Уже в 1655 году некоторые полковники, родственники Выговского и Мазепы, просило царского представителя на Украине В. Бутурлина утвердить их на своих должностях, минуя гетмана. Бутурлин отказался это сделать, но донесения в Москву послал. Потом это было активно использовано московским правительством для достижения своих целей на Украине.