Но особенно он переживал из-за того, что не мог уделять достаточно времени жене и детям. Оставшись сиротой в пять лет, он прекрасно понимал, как важно для маленького человека семейное тепло и домашний уют, любовь и внимание родителей. Частые поездки в Лондон, исследования, написание статей и различные политические акции — все это мешало не только общению с детьми, но и его частной практике. А вскоре он даже купил себе дом в Лондоне, так как ему приходилось проводить в столице по нескольку месяцев в году.
Прием пациентов теперь приносил Дженнеру очень мало денег. Ситуация становилась по-настоящему серьезной: сумма его долгов превысила 12 тысяч фунтов — это была по тем временам огромная цифра. Теперь Дженнер понял, как ошибся, сказав Клайну, что не нуждается в деньгах. Чтобы поправить дела, он решил открыть кабинет в Лондоне. Однако, к его разочарованию, большинство потенциальных пациентов быстро поняли, что вакцинация — довольно простая процедура, которую прекрасно может провести их привычный врач или хирург, и идея с практикой провалилась.
Тогда Дженнер и его сторонники решили обратиться с петицией в британский парламент и попросить его членов выделить Дженнеру вознаграждение для компенсации расходов, которые он понес, разрабатывая метод вакцинации. В то время как друзья Дженнера прилагали все усилия, дабы добиться положительного ответа, ему самому пришлось вернуться в Беркли. Причиной стала тяжелая болезнь жены. Миссис Дженнер страдала от туберкулеза, на этой почве у нее развилась депрессия, и в поисках помощи она обратилась к религии. Один из друзей даже предупредил Дженнера, что она хочет сделать обоих сыновей священниками. Счастливая супружеская жизнь осталась в прошлом, в доме Дженнеров начались ссоры: Кэтрин решительно осуждала идею обращения в парламент. Она говорила, что мужу следует придерживаться прежнего решения и жить на собственные доходы, которых, по ее мнению, им вполне хватало.
Палата общин приняла петицию, король дал свое принципиальное согласие, и в течение месяца комитет палаты изучал обстоятельства дела. Подробно опросив самого Дженнера, члены комитета пригласили многочисленных его сторонников и противников. Интересно отметить, что одним из самых ярких сторонников Дженнера стал Томас Беддоуз из бристольского Пневматического института. Он убедился в эффективности вакцинации после того, как медицинская общественность Бристоля под впечатлением результатов работы Дженнера решила присудить ему премию.
Как и следовало ожидать, наиболее ярыми противниками вакцинации выступили Мозли и Пирсон. Пирсон настаивал на том, что он и Вудвилл вакцинировали больше людей, чем Дженнер, и что соответственно поддержку следует в первую очередь оказать им. Пирсон сознательно лгал: он заявил во всеуслышание, что именно они с Вудвиллом, а вовсе не Дженнер, установили безопасность вакцинации для грудных детей.
В конце концов палата согласилась выделить Дженнеру деньги; единственным спорным моментом оставалась сумма. Поступило несколько предложений: двадцать тысяч, пятнадцать тысяч (в обоих случаях это решило бы все финансовые проблемы Дженнера) или десять тысяч фунтов. После долгих дебатов 2 июня 1802 года палата единогласно утвердила размер выплаты — десять тысяч фунтов.
Коллеги и друзья Дженнера нашли способы выразить свое отношение к его достижениям. В 1802 году Физическое общество клиники Гай избрало его своим почетным членом. Общество военно-морских врачей наградило его за спасение множества человеческих жизней во время войны с Наполеоном, было создано Королевское Дженнеровское общество. Как следует из названия, Общество находилось под патронатом короля и королевы, королевские дети стали его вице-патронами, а всего в руководство Общества вошли пятьдесят самых влиятельных людей Великобритании. Общество издавало научные работы и оплачивало вакцинацию бедняков. На своем первом научном заседании, состоявшемся в 1803 году, Королевское Дженнеровское общество официально одобрило термин «вакцинация». А 11 августа 1803 года город Лондон провозгласил Дженнера своим почетным гражданином — свидетельство передали ему в золотой шкатулке стоимостью 105 фунтов стерлингов. Через месяц Королевское гуманитарное общество избрало Дженнера своим почетным членом.
К этому времени «старику» Дженнеру исполнилось пятьдесят пять лет. Его работа принесла ему всемирную славу, его таланты и статус как политика и общественного деятеля вызывали всеобщее восхищение, но при этом он оставался бедным, как церковная мышь (даже после получения денег от парламента его долги достигали двух тысяч фунтов стерлингов). В августе 1803 года он продал лондонский дом и вернулся в Челтенхем и Беркли, где восстановил свою практику и прожил последующие два года.
Несмотря на то, семья не вылезала из долгов, набожная госпожа Дженнер уделяла очень большое внимание местной бедноте и занималась благотворительностью, а ее супруг построил рядом со своим домом больницу, которую назвал «Храм вакцины», и делал там бесплатные прививки.