Секунд-майор Пассек, арестованный в 1794 году за противоправительственные стихи и переписку книги Радищева, был вскоре освобожден. Генерал-прокурор Самойлов, лично допрашивавший Пассека, вырвал у него признание, пообещав ему свободу. И генерал-прокурор действительно предоставил ее узнику, но ненадолго: в декабре 1796 года секунд-майора арестовали вторично, обвинив его в заговоре против Павла и распространении среди офицеров запретных книг.
Пассека заточили в Динамюндскую крепость (позднейший Усть-Двинск) под Ригой. В начале 1797 года он написал императору Павлу письмо. Пассек доказывал в нем, что «язвительные сочинения» не являются преступлением и что запрещать их не следует, так как «умы почувствуют притеснение», а «невежество опровергнет дарования разума» и отнимет охоту писать.
Павел оставил прошение без последствий, объявив, что «участь господина Пассека есть достойная награда его деяний и образа мыслей». Юный вольнодумец был обречен томиться в тюрьме долгие годы. Там он написал завещание, в котором «сделал предел» собственной помещичьей власти, освободив принадлежащих ему крепостных.
А в это самое время его друг — отставной полковник А. М. Каховский — организовал в своем смоленском имении Смоленичах тайный политический кружок. В него вошли недовольные Павлом I офицеры расположенных в Смоленской губернии С.-Петербургского драгунского и Московского гренадерского полков, а также представители местного чиновничества.
Кружок этот явился прообразом будущих тайных обществ декабристов. Каждый участник его имел особую кличку, и никто из них не пользовался услугами почты. Собираясь у Каховского, члены кружка читали запрещенные русские и иностранные книги, в том числе — по-видимому — и «Путешествие из Петербурга в Москву» Радищева. На этих тайных собраниях осуждались порядки, заведенные Павлом I в армии, и разрабатывался план его убийства. В ноябре 1798 года заговор был раскрыт.
Во время следствия выяснилось, что Каховский пытался убедить А. В. Суворова двинуть на Петербург войска и покончить с императором Павлом, причем великий полководец был осведомлен о планах подпольщиков, но, сочувствуя им, не счел возможным их поддержать.
Во время обыска у Каховского нашли склад оружия и шесть пудов пороха. Он был навечно заточен в ту же Динамюндскую крепость, где сидел Пассек, с которым в это же время поддерживал тесную связь другой Пассек, Петр Петрович, двоюродный брат первого, будущий декабрист.
Уже полгода находился Радищев в Саратовской губернии — в селе Верхнем Аблязове, у своих престарелых родителей. Павел разрешил ему повидаться с ними только один раз
.Радищев приехал в Аблязово ранней весною. Николая Афанасьевича дома не было — он жил уединенно, на пасеке, в пяти верстах от имения. Мать лежала, разбитая параличом.
Радищев отправился на пчельник; отца он нашел подле ульев, отпустившим бороду, в простом, подпоясанном ремнем кафтане. Николай Афанасьевич пробежал пальцами по лицу и волосам сына, но взгляд его не оживился при этом. Он был слеп...
Ранняя, холодная весна вскоре свалила с ног Радищева: перемежающаяся лихорадка, вывезенная им из Сибири, трепала его долго. Потом потянулись скучные дни, «похожие один на другой». Соседи-помещики не интересовали Радищева, и, если приезжали в Аблязово, он не стремился завязать беседу. Да и с кем было говорить? С чудаком помещиком, скупавшим крестьян отменно малого роста, или с другим — зверем и самодуром, который кормил своих крепостных из корыта, наливая туда щей?..
Книги стали почти единственными его друзьями и собеседниками: из древних авторов — Вергилий, из новых — Клопшток и Меркель; затем «Труды» Вольного экономического общества, «Элементы химии» Фуркруа и все новинки по агрономии: Болотов, Самборский, Комов, Рычков.
Аблязовский чернозем — тучные земли по берегам местной речки Тютнарки — привлек внимание Радищева, и мысли о сельском хозяйстве постепенно завладели им.
«Человек принимает оттенок окружающих его предметов, — писал он из Аблязова А. Р. Воронцову, — и я только и читаю и говорю о земледелии».
Но он еще интересовался сельским хозяйством практически и делал опыты с землею, изучая тютнарский чернозем.
Он подметил, что цвет «почти всех вещей» зависит от железа, ибо оно дает «траве зеленость, румянец розе, небесную синеву васильку». Опыты открыли ему, что почва в Аблязове очень железиста и что она почти мгновенно пропитывается водой. Затем он вспомнил: в серую почву Немцова, в Калужской губернии, вода не так скоро проходит... Так родилась мысль о связи между водопроницаемостью почвы и ее плодородием. «Чем вода лучше и скорее проницает землю, — записал Радищев, — тем она лучше дает плод».
Перед глазами его стояли серые, скудные земли Немцова и немцовский крестьянин, в худых лаптях, ковыряющий пашню деревянной сохой.