Теперь рассмотрим заключения, к которым пришли те, кто проводили исследования на основе внутривидовых вычислений, то есть только в отношении мутаций, накопившихся в митохондриальной ДНК человека, не учитывая предположительного времени разделения ветвей человека и шимпанзе. Темплтон указывает, что эта методика не принимает во внимание несколько «источников ошибок и неопределенности». Например, тот факт, что в действительности скорость мутаций не постоянна. Мутации происходят случайно, согласно распределению Пуассона. Распределение Пуассона, названное в честь французского математика С. Д. Пуассона, используется для вычисления вероятности случайных событий (таких, как появление грамматических ошибок в печатных изданиях или мутаций в ДНК). Темплтон пишет: «В этой связи очень важно иметь в виду, что человечество представляет один из многих образцов мутационного процесса, лежащего в основе структуры современной митохондриальной ДНК. Поэтому, даже если бы митохондриальная ДНК человека была полностью расшифрована, скорость мутаций была точно определена и молекулярные часы шли бы в точном соответствии с распределением Пуассона, то и тогда время единообразия митохондриальной ДНК невозможно было бы определить точно… Поэтому стохастичность исследуемого процесса неизбежно мешает точному определению возраста, и в этом не поможет ни увеличение исследуемых образцов, ни большее генетическое разрешение, ни более точное определение скорости генетических изменений» (Templeton. 1993. P. 57).
Стоункинг и соавторы его научной работы (Stoneking et al. 1986) признают существование проблемы стохастичности, однако, по словам Темплтона, они не предпринимают адекватных шагов для ее решения. Стоункинг и его соавторы подсчитали, что расхождения в митохондриальной ДНК у исследованных ими групп людей, составили 2–4 %. Сколько же потребовалось времени, чтобы образовались такие расхождения? Стоункинг и его соавторы считают, что для этого потребовалось 200 000 лет. Однако Темплтон обнаружил, что если учесть вероятностные эффекты, то получится цифра в 290 000 лет. Далее Темплтон указывает, что «действительные величины, указанные в их работе, имеют 5-кратное расхождение (1,8–9,3 %), а в работах других исследователей они еще больше (1,4–9,3 %)» (Templeton. 1993. P. 58). Более широкие рамки расхождения позволяют датировать время единообразия митохондриальной ДНК в промежутке между 33 000 и 675 000 годами.
Сторонники гипотезы об африканской Еве и другие считают, что митохондриальная ДНК не подлежит естественному отбору. Это значит, что единственным фактором, приводящим к появлению различий в последовательностях митохондриальной ДНК у разных групп на Земле, являются случайные мутации, накапливающиеся с определенной скоростью. Если это так, то это значит, что молекулярные часы идут с одинаковой скоростью у разных групп населения Земли. Если бы в формировании различий ДНК у разных групп участвовал бы еще и естественный отбор, то это совершенно бы смешало показания молекулярных часов. К примеру, если бы у одной группы населения естественный отбор удалил последствия некоторых мутаций, то эта группа казалась бы моложе, чем на самом деле. В этом случае невозможно было бы сопоставить величину мутаций с определенным отрезком времени и сравнить возраст различных групп. Существуют доказательства того, что естественный отбор действительно играет роль в изменении митохондриальной ДНК. К примеру, Темплтон указывает на различия в степени расхождения кодирующих и некодирующих участков митохондриальной ДНК у разных групп. Если бы скорость мутаций была нейтральна, этого бы не наблюдалось. Степень мутаций должна быть одинакова как у кодирующих, так и у некодирующих участков митохондриальной ДНК (Templeton. 1993. P. 59). К этому заключению приходят и другие исследователи (Frayer et al. 1993. Pp. 39–40): «Все молекулярные часы требуют эволюционной нейтральности для обеспечения постоянства скорости изменений. Однако продолжительные исследования митохондриальной ДНК позволяют со все большей уверенностью говорить о роли естественного отбора в изменениях митохондриальной ДНК. К примеру, такие исследователи, как Фос и его соавторы (Fos et al. 1990), МакРей и Андерсон (MacRae, Anderson. 1988), Палька (Palca. 1990), Уоллес (Wallace D. C. 1992) и другие продемонстрировали, что митохондриальная ДНК не нейтральна, а подлежит строгому естественному отбору… Митохондриальная ДНК – это неподходящая пружина для молекулярных часов».