Следующей функционально важной подсистемой организмов растений являются стебли. Перечень функций, выполняемый сочетаниями их фн. ячеек, также весьма обширен. Сюда прежде всего следует отнести внутрисистемные пространственные перемещения различных фщ. единиц из одних частей системы в другие: от листьев к корням, от корней к листьям и т.д. Для этих целей структура стеблей предусматривает наличие специальных транспортных артерий, или сосудов, пронизывающих подсистемы всего организма, и по которым фщ. единицы перемещаются из одних фн. ячеек в другие. При этом вода и минеральные соли поднимаются от корней в верхнюю часть растений по внутренним сосудам, а образовавшиеся в листьях органические вещества транспортируются по внешним артериям стеблей. У многих растений структура стеблей (стволов) включает аккумулятивные фн. ячейки, куда складируется запас необходимых для последующего использования элементов. Стебли (стволы) растений служат также целям оптимального расположения фн. ячеек структуры организма растения в геометрии пространства. Поэтому даже пространственное расположение лиственного покрова растения с целью обеспечения максимальной площади его облучения Солнцем входит в функцию стеблей.
Еще одной очень важной особеностью строения стеблей является включение в их структуру сигнальной подсистемы организма растения, имеющей свои ответвления практически во всех его органах. Однако главные каналы связи проходят именно через стебли. По этим каналам внутренняя информация организма поступает из одной подсистемы в другую, координируя таким образом во времени начало и прекращение тех или иных реакций, запрограммированных алгоритмами соответствующих фн. ячеек. Эти же сигналы служат для внесения коррекции в указанные алгоритмы. Здесь следует отметить, что само понятие организм включает в себя наличие условно целостной биологической системы с обязательным присутствием сигнальной подсистемы. Именно благодаря сигнальной подсистеме некое скопление органических клеток объединено в систему единого организма. В простейших организмах растений сигнальная подсистема появилась вначале также в довольно зачаточном состоянии, развившись со временем в примитивную первую сигнальную подсистему, положившую одновременно начало появлению духовности в организме. Как уже отмечалось, сигнальная подсистема организмов растительно-животного мира имеет биоэлектрическую природу. С ее помощью происходит тесное взаимодействие подсистем единой структуры организма, регулирование во времени алгоритмической деятельности тех или иных фщ. единиц.