Протекавший многие сотни миллионов лет морфофизиологический прогресс, или ароморфоз, привел к значительным эволюционным изменениям подсистем структуры организмов II-го поколения (что выразилось в общем подъеме их организации), биологическому прогрессу, а также другим не менее важным последствиям. Сюда прежде всего следует отнести отрыв их систем от гумусового слоя почвы и способность свободно и автономно перемещаться по субстрату. Вследствие этого организмы получили возможность постепенно осваивать до этого пустынные районы земной поверхности в трех сферах: на суше, в воде и воздухе, что вело к увеличению фн. разнообразия их структур и вполне отвечало требованиям движения Материи в качестве-времени-пространстве. Приобретенная способность к передвижению в пространстве околоземной поверхности позволило организмам II-го поколения перемещаться от одного источника питания (системы организмов I-го поколения) к другому, максимально расширяя ареал своего обитания. Кроме того, в неблагоприятные моменты организм стал иметь возможность укрываться в более безопасном для себя месте. Потребление разнообразных травянистых растений увеличило набор элементов, из которых слагались фщ. единицы, заполнявшие фн. ячейки подсистем организмов животных, при этом каждый элемент заполнял отведенную именно для него фн. ячейку, где он мог проявить свои, присущие лишь ему фн. свойства. Вместе с тем, как и во всех системных образованиях предыдущих подуровней, любая вновь означившаяся фн. ячейка структуры того или иного организма безусловно требовала для своего заполнения лишь фщ. единицу, способную выполнять ее набор фн. алгоритмов. Малейшее несоответстие фщ. единицы заполняемой фн. ячейке вело к нарушению функционирования данной подсистемы организма и к возможному прекращению существования всей его системы в целом.
Рассмотрим вкратце строение организмов II-го поколения. В качестве примера возьмем структуру организма любого современного нам млекопитающего животного. Его целостная полуавтономная система включает в себя множество подсистем. Одной из основных среди них является опорно-двигательная подсистема. Она включает в себя костный скелет с прикрепленными к нему группами мышц. Костный скелет, определяя геометрическое расположение в пространстве прочих подсистем организма, в отдельных случаях выполняет и защитную функцию. Клетки мышечной ткани с помощью биохимических реакций при участии АТФ, как универсального источника биоэнергии, сокращаясь в заданный момент времени, приводят к пространственному перемещению с заданной скоростью отдельных частей организма. Опорно-двигательная подсистема, хорошо скоординированная и четко управляемая, позволяет некоторым современным животным перемещаться со скоростью в несколько десятков км/час.
Другой важной подсистемой организма является подсистема пищеварения. Она включает в себя ряд органов, где регулярно протекают процессы размельчения органических соединений подсистемных образований организмов I-го поколения до такого состояния, когда они могут быть использованы в качестве составных элементов в синтезируемых гетеротрофных клетках различных органов подсистем рассматриваемого нами организма. Регулярность указаных процессов определяется потребостью отдельных подсистем в замене в их фн. ячейках отфункционировавших фщ. единиц на новые. Наряду с подсистемой пищеварения функционирует также подсистема выделения. Через ее органы из организма удаляются непотребовавшиеся элементы, имевшиеся в органических соединениях пищи, а также элементы распада отфункционировавших фщ. единиц большинства подсистем организма.
Постоянно функционирующая подсистема дыхания служит для обеспечения газообмена протекающих в различных органах и тканях биохимических реакций. В процессе газообмена происходит постоянный подвод требующегося для окислительно-восстановительных реакций кислорода, а также отвод одного из продуктов распада всех органических соединений - углекислого газа.
Аккумулятивная подсистема организма включает в себя органы, фн. ячейки которых заполняются определенным запасом большинства элементов, необходимых для построения фщ. клеток других подсистем, удлиняя тем самым период автономного функционирования организма в целом. В органах данной подсистемы скапливается также ряд органических соединений, последующее расщепление которых может послужить дополнительным источником энергии. Аккумулятивная подсистема имеет очень важное значение в жизнедеятельности организмов животного мира. С ее помощью организм имеет возможность увеличить интервалы между приемами пищи, нормально функционируя в указанные перерывы. Это особенно важно для животных, ареал обитания которых находится в пустынной местности, а также в зимнее время года.