Когда в 1990 г. толпа обезумевших народнофронтовцев пошла на штурм здания МВД, чтобы «проверить» уровень знания милиционерами «государственного языка», министр Воронин запретил своим подчиненным применять силу. Вдохновленные демократичностью министра, поборники румынской идентичности независимого молдавского народа провели в захваченном здании свой экзамен на знание языка – сотрудников МВД, плохо владевших молдавским, избивали и выбрасывали из окон.
На этом развитие политика Воронина не остановилось. Руководить республикой (которую теперь было велено именовать «ССР Молдова») стали председатель Верховного Совета Мирча Снегур и руководитель правительства Мирча Друк (лидер «Народного фронта»), а точнее – нерушимый блок национал-коммунистов и националистов. В это правительство партаппаратчика Воронина не взяли, и он обратился за помощью к любимой «системе подбора и расстановки», которая к тому времени еще продолжала действовать. Новоявленный руководитель республиканской милиции поехал в имперскую Москву, в Академию МВД, и с мая 1990 по сентябрь 1993 (!) г. числился в резерве кадров МВД РСФСР (России).
В его отсутствие ситуация в Молдавии изменялась быстро и бурно.
На волне народнофронтовской активности 1990 г. суверен-номенклатурная элита ССР Молдовы перевела молдавский язык на латиницу и переименовала его в румынский, заменила флаг МССР на румынский триколор, а главное, подтолкнула русскоязычные районы Приднестровья и регионы проживания гагаузов к мощным сеператистским выступлениям, закончившимся образованием непризнанной Приднестровской Молдавской Республики.
Кабинет национал-радикала Мирчи Друка пал в феврале 1991 г. и сменился сначала национал-коммунистическим правительством Валерия Муравского (1991—1992), а потом – левоцентристским кабинетом во главе с Андреем Сангели (1992—1997). Фактически власть в стране перешла в руки «агропромышленного директората» во главе с президентом Мирчей Снегуром (1991—1996), премьер-министром Андреем Сангели и влиятельным спикером парламента, членом последнего состава Политбюро ЦК КПСС Петром Лучинским (1993—1996).
Все эти годы небольшую и небогатую Молдавию терзали проблемы, которые приходилось решать и народу, и власти. Неурегулированный конфликт с Приднестровьем был только одной из них. Второй стало нарастание серьезнейших противоречий между частью политической элиты и национальной интеллигенции, избравшей «румынский вектор» в качестве единственного внешнеполитического вектора страны, с одной стороны, и устойчивой экономической и социально-психологической ориентацией подавляющего большинства населения на сохранение и укрепление связей с Россией – с другой.
Это противоречие, нараставшее в информационно-политическом поле страны, оставалось под практически полным контролем прорумынского лобби, и именно с ним в своих публичных заявлениях, решениях и действиях должны были считаться умеренные и вполне советские по своему менталитету лидеры молдавского истеблишмента. С другой стороны, подавляющее большинство пассивного, по преимуществу сельского, электората оставалось глубоко чуждым «румынским веяниям» и впадало во все более острую ностальгию по простым и понятным советским временам.
Тем временем Владимир Воронин, выйдя из резерва МВД России на пенсию, вернулся в Молдавию, все еще оставаясь под спасительной сенью «советской системы подбора и расстановки кадров». Но свои номенклатурные мечты он вовсе не оставил. В строгой координации со своими российскими товарищами он приступил к возрождению Коммунистической партии в Молдавии.
Компартия Молдавии – как и КПСС в России – была запрещена после августа 1991 г. Как и в России, Конституционный суд признал законность прекращения деятельности оргструктур КПСС, но оставил возможность легализации коммунистической партии как новой политической силы, не являющейся продолжателем КПСС. В 1993 г., опираясь на судебные решения, Владимир Воронин в точности последовал за своим партийным товарищем Геннадием Зюгановым. В октябре была созвана учредительная конференция «новой» Партии коммунистов Республики Молдова (ПКРМ), оргкомитет которой возглавил Воронин. С 1994 г. он стал первым секретарем ЦК ПКРМ, а в апреле партия поручила ему провести ее официальную регистрацию, что позволило бы ей принять участие в парламентских выборах 1994 г.
В 1994—1996 гг. Воронин оставался в оппозиции к правительствам Снегура – Сангели и производил впечатление безобидного, слабого и невнятного дублера своих партийных товарищей из КПРФ. В 1995 г. ПКРМ активно участвовала в работе так называемого Союза коммунистических партий (СКП-КПСС), вступила в его состав в качестве полноправного члена и делегировала Воронина в Совет СКП-КПСС.