Надо учитывать также, что формирование понятия научного метода шло в конкретных условиях исторического развития науки. Например, в науке XVII века кроме ньютонианской использовались еще картезианская и атомистическая традиции. На такой почве сталкивалось множество идеалов и норм науки, бытующих на теоретическом уровне научной рефлексии. Шла идейная борьба с участием разных философских систем в формировании научных идеалов (весьма заметную роль в этом процессе играют, например, традиции рационализма и сенсуализма, эмпиризма). К тому же возникло сложное строение рефлексивного уровня науки, где в процессе формирования идеалов и норм познания принимают участие не только философия, гносеология, но и более специальные уровни обобщения, образующиеся в рамках обшей методологии науки, а также и в методологии отдельных наук.
Полагаю правомерным утверждение, что всякий эффективный метод опирается на определенную теорию объекта. Например, социологическое исследование ценностных ориентации людей в сфере культуры требует разработки анкеты с учетом общетеоретических представлений о сущности духовной культуры общества и личности, ее структуре и основных свойствах. Эти общетеоретические соображения переводятся в совокупность эмпирических индикаторов. В качестве таковых выделяются предпочтительные типы поведения респондентов в их свободное время (частота посещения тех или иных учреждений культуры, участие или неучастие в художественной самодеятельности и др.). Иными словами, сам метод анкетирования возможен только потому, что в процессе его осуществления используются эмпирические содержательные индикаторы, выводимые из соответствующих теоретических положений, т.е. из предметного теоретического знания.
Еще более тесная связь содержательного и методологического знания прослеживается в случае использования теоретических методов познания. Так, решая некоторые задачи гидростатики, Архимед исходил из теоретических предположений о природе жидкости, согласно которым она состоит из однородных частиц, тесно прилегающих друг к другу и испытывающих давление со стороны соседних частиц. Если бы жидкость была предоставлена самой себе, то она имела бы форму шара, центр которого совпадал бы с центром Земли. Сформулировав данные теоретические допущения, Архимед начинает свой мысленный эксперимент. Он осуществил мысленные операции с этой самой жидкостью в форме шара. В том числе мысленно делил шар на фигуры в виде смежных пирамид с вершинами в центре Земли, проводил около центра еще одну шаровую поверхность, а затем последовательно рассматривал ситуации с телами, равнотяжелыми с жидкостью, с телами, более легкими, чем жидкость, и телами, более тяжелыми, чем жидкость. В итоге он получает теоретически доказанные следствия о выталкивающей силе, действующей на погруженное в жидкость тело, иными словами, получает результат, позднее названный по его имени законом Архимеда.
Очевидно, что сам мысленный эксперимент, его проведение было бы попросту невозможно без предварительного формирования начальных теоретических допущений. И сам эксперимент осуществляется как некоторая последовательность мысленных операций как раз с исходным теоретическим материалом; ведь все мысленные преобразования, проведенные по ходу эксперимента Архимедом, касаются того шара воды, который был им сконструирован теоретически.
В целом же выдвижение и логическая разработка предположений, выведение конечных следствий, последующее сопоставление данных следствий с эмпирической ситуацией - все эти исследовательские процедуры объединялись Архимедом в гипотетико-дедуктивном методе, получившем законченный вид в XVII веке. Позже А. Эйнштейн предложил знаменитый мысленный эксперимент для объяснения понятия одновременности в специальной теории относительности. В нем были использованы следующие теоретические постулаты: 1) не существует способа, чтобы установить, находится ли тело в состоянии покоя или равномерного движения или, другими словами, во всех инерциальных системах отсчета все явления протекают одинаково, законы природы инвариантны относительно перехода от одной инерциальной системы к другой; 2) независимо от движения своего источника свет всегда движется через пустое пространство с одной и той же постоянной скоростью или, другими словами, скорость света одна и та же во всех инерциальных системах отсчета.