После волнений, вспыхнувших в частях колумбийской армии, расквартированных в районе Лимы, и их отъезда на родину в марте 1827 года в Перу резко активизировались противники Боливара. Они настояли на проведении новых выборов, созвали так называемый второй независимый конгресс и провели на нем решение об отмене Конституции. Вместо нее был принят временный Основной закон и проведены выборы президента. Этот пост занял генерал Ла-Мар, типичный представитель лагеря попутчиков освободительного движения, весьма многочисленных в Перу и Боливии. Хосе де Ла-Мар-и-Кортасар (таково его полное имя) родился в провинции Кито и долгие годы служил в испанской королевской армии, был комендантом крепости Кальяо в Перу. Только в 1821 году он перешел на сторону патриотов и участвовал в битве при Аякучо, командуя отрядом перуанцев. По свидетельству перуанских историков, его отличали «зависть к авторитету и славе Сукре и ненависть к колумбийцам».[475]
Добившись поста президента Перу, Ла-Мар решил, что пробил его час.Первым делом он двинул 5-тысячную перуанскую армию к границам Боливии. Ее командующий генерал А. Гамарра также принадлежал к числу попутчиков. Он с готовностью выполнил поручение Ла-Мара потребовать от боливийского конгресса переизбрания президента и принятия новой конституции. В мае 1828 года перуанские войска вторглись на территорию Боливии. В Чукисаке вспыхнули волнения в столичном гарнизоне. Все это вынудило Сукре оставить президентский пост и уехать на родину. В январе 1829 года президентом Боливии стал генерал А. Санта-Крус, участвовавший вместе с Ла-Маром в антиболиварской кампании в Перу.
Успех вскружил Ла-Мару голову. Временный президент Перу решил погреть руки на старом перуано-колумбийском территориальном споре и выдвинул претензии на южные провинции Великой Колумбии и Гуаякиль. Он рассчитывал на легкий успех, поскольку в Великой Колумбии обострилась внутриполитическая обстановка, а заодно надеялся укрепить свою власть, разжигая шовинистические настроения. Колумбийский посланник в Лиме К. Армеро был обвинен в антиправительственном заговоре и в июне 1827 года выслан из Перу. Перуанский посланник в Боготе X. Вилья, ссылаясь на отсутствие инструкций, блокировал все попытки обсудить возникшие проблемы. Правительство Великой Колумбии не видело смысла в его дальнейшем пребывании в Боготе и вручило Вилье его паспорт. Отъезд перуанского посланника означал окончательный разрыв дипломатических отношений между двумя странами.
Аргентина, Чили и США предложили свои посреднические услуги для урегулирования конфликта. Их усилия не принесли плодов. Между Колумбией и Перу началась «холодная война» — обмен правительственными заявлениями, в которых и с той, и с другой стороны допускались ненужные перехлесты. В последний момент Боливар направил для переговоров в Лиму своего адъютанта О'Лири, не раз успешно выполнявшего сложные дипломатические поручения, но тот не успел добраться до столицы Перу. В июне 1828 года «холодная война» между Перу и Великой Колумбией переросла в вооруженный конфликт. В своем манифесте к народу колумбийское правительство заявило: «Колумбия вовлечена в войну против своей воли. Ей не нужна победа, добытая пролитием американской крови. Она будет избегать военных действий столь долго, как это окажется возможным, и всегда будет готова выслушать предложения о мире, совместимом с честью и достоинством ее народа».[476]
И этот призыв к миру остался без ответа.Война приняла нешуточный характер. Используя временное превосходство в силах, Ла-Мар во главе 4-тысячной армии занял эквадорскую провинцию Лоха. В январе 1829 года комбинированным ударом с моря и суши перуанцы овладели Гуаякилем. Боливару пришлось направить для руководства колумбийскими войсками маршала Сукре. «Этот генерал сумеет обеспечить нам мир или победу»,[477]
— говорил он. Показательно, что в своем высказывании Освободитель на первое место поставил не победу, а мир. Сукре пытался уладить конфликт мирным путем, но Ла-Мар оставался непреклонным. В феврале 1829 года меньшая по численности колумбийская армия под командованием Сукре в сражении при Тарки разгромила войско Ла-Мара. Не желая продолжения войны, Сукре предложил великодушные условия примирения. Перуанцы должны были возвратить Гуаякиль и другие оккупированные территории, выплатить 150 тыс. песо возмещения и передать Колумбии один военный корабль — корвет «Пичинча». Ла-Мар принял эти условия. Окончательный мирный договор был подписан в октябре 1829 года. Стороны согласились установить границу по линии, разделявшей две страны до начала борьбы за независимость в 1809 году.[478]В братоубийственной перуано-колумбийской войне не было победителей. Военная авантюра стоила Ла-Мару президентского кресла, с которого он был смещен своими генералами. Боливар и Сукре не испытывали радости. Война явилась последним звеном в цепи событий в Перу и Боливии, взорвавших проект Андской федерации. Политическое поражение Освободителя эхом отозвалось в Великой Колумбии, ускорило ее крушение.