Пока республиканская армия сражалась с испанцами в центре страны, на равнинах Ориноко как лавина нарастала новая угроза. Испанскому авантюристу Хосе Томасу Бовесу, полугерою и полуконтрабандисту, как назвал его один из историков, осужденному в прошлом на восемь лет каторжных работ, удалось увлечь за собой жителей бескрайних венесуэльских степей — льянос, простирающихся от отрогов Анд на северо-западе и до лесов Гвианы на юго-востоке. Основное население этого обширного района составляли пастухи-индейцы, метисы и негры-рабы, обслуживавшие огромные стада крупного рогатого скота и табуны лошадей. Они славились как мужественные и выносливые наездники и отличные стрелки. Бовес соблазнял их посулами вольной жизни и богатой наживы, разжигал их ненависть к белым креолам-помещикам. Крестьянам и пастухам он обещал землю, а рабам-неграм — свободу. Многие пошли за Бовесом, восхищенные его личным бесстрашием, безразличием к роскоши, умением владеть конем, копьем и лассо, что так высоко ценилось в льянос. За несколько месяцев Бовесу удалось сколотить армию, состоявшую из 5 тыс. всадников и 2 тыс. пехотинцев, и двинуть ее на Каракас. Другой крупный отряд возглавил канарец X. Янес.
Историки нередко сравнивают Бовеса с такими героями испанской конкисты, как Кортес и Писарро, покорителями ацтекской и инкской империй, и называют его «гением зла», Атиллой степей. Свой путь головорезы Бовеса устилали горами трупов, безжалостно истребляя всех сторонников республики, устрашая мирное население кровавым террором.
Несколько месяцев республиканцы героическими усилиями сдерживали наступление отрядов Бовеса, нанесли им несколько чувствительных поражений. Но в конце концов сказалось неравенство сил. Против 7-тысячной орды Бовеса Каракас смог выставить лишь 1500 пехотинцев и 600 всадников. Остро сказывалась нехватка оружия. Кроме того, патриотам приходилось сражаться на два фронта, так как испанский гарнизон Пуэрто-Кабельо вновь двинулся на столицу. Боливар разрывался между штаб-квартирой республиканской армии и Каракасом, где его присутствия требовали неотложные правительственные дела. Лихорадочные усилия Боливара срочно закупить несколько тысяч ружей в английских колониях в Карибах не увенчались успехом. 15 июня 1814 г. в быстротечном сражении в Ла-Пуэрте республиканская армия, возглавляемая Боливаром, потерпела сокрушительное поражение и была рассеяна. В руки Бовеса попали вся ее артиллерия и другое вооружение.
Через три недели Боливар с остатками республиканских войск оставил Каракас. Вместе с ним бежала половина населения столицы — более 20 тыс. жителей, надеясь скрыться от террора головорезов Бовеса. Вторая венесуэльская республика пала, хотя разрозненные отдельные очаги сопротивления тлели до конца 1814 года. В одном из последних сражений патриот Амбросио Брабанте копьем пронзил Бовеса. Его место занял X. Т. Моралес, столь же кровавый головорез. По всей Венесуэле испанские роялисты торжествовали победу.
Вынужденный, как и многие другие руководители патриотов, покинуть родную землю, Боливар обратился к своим соотечественникам с посланием, получившим название «Манифест Карупано». Причины крушения второй республики, по его мнению, коренились в том, что испанцам удалось привлечь на свою сторону часть местного населения, в то время как силы патриотов оказались разобщенными.
Действительно, самый влиятельный вожак партизанских отрядов — Мариньо долгое время оставался сторонним наблюдателем агонии второй республики, а когда спохватился, то было уже поздно, и ему самому пришлось спасаться бегством. Своим манифестом Боливар пытался заронить искру надежды в души тех патриотов, кто был деморализован поражением. «Я клянусь вам, дорогие соотечественники, оправдать звание Освободителя, которым меня наградили. Нет такой силы на земле, которая заставила бы меня свернуть с избранного пути. Я вновь вернусь и освобожу вас».
С немалыми трудностями Боливар пробился на новогранадскую землю, где еще развевалось знамя свободы, и обосновался в Картахене, городе, чьим почетным гражданином он являлся. Им движет дерзкая надежда повторить «славную кампанию», которая совсем недавно принесла освобождение Венесуэле. Однако обстановка здесь изменилась к худшему. Разброд, соперничество и интриги среди новогранадских патриотов не позволяли рассчитывать на успех задуманного, и Боливар решает уехать. Дни Новой Гранады были сочтены.