Договор определял также четыре основные функции будущей международной организации: согласовывать позиции участников по отношению к «великим конфликтам» (внешнего характера); объединять усилия для противодействия внешним угрозам, представляющим опасность для всех; давать обоснованную интерпретацию общественным договорам, когда возникают осложнения; и, наконец, играть роль арбитра в возникающих спорах.
Оба договора были ратифицированы Национальными конгрессами Колумбии и Перу соответственно в июле и ноябре 1823 года. Не получила одобрения только статья, предусматривавшая совместные вооруженные акции по наведению порядка в случае нарушения «внутреннего спокойствия» в одной из стран. Эту статью конгрессмены сочли нарушением принципов невмешательства во внутренние дела. Колумбийско-перуанские договоры послужили в дальнейшем базовыми документами для переговоров Москеры с Чили и Буэнос-Айресом. Дипломатический эмиссар Боливара мог быть удовлетворен результатами своей миссии в Перу. При расставании Сан-Мартин вручил ему рекомендательные письма к правительствам Чили и Буэнос-Айреса, свидетельствовавшие о его активной поддержке проекта Боливара.
В Сантьяго-де-Чили дипломатического посланца Боливара принял О'Хиггинс, сыгравший выдающуюся роль в становлении независимой чилийской республики и осуществлении ряда прогрессивных преобразований в экономической и политической жизни страны. Он разделял взгляды Освободителя относительно латиноамериканского единства. Его поддержка позволила Москере в течение двух месяцев успешно завершить переговоры.
Чилийские представители — министр иностранных дел X. Эчеверриа и военный министр X. А. Родригес — приняли, за небольшим исключением, все статьи колумбийско-перуанских договоров, предложив объединить их в один общий документ. Они лишь выразили возражения по поводу постоянного характера конфедерации и точного определения в договоре численности воинских контингентов. Так же как перуанцы, чилийские министры отказались поставить свою подпись под обязательствами о взаимных гарантиях территориальной целостности в границах, существовавших до начала войны за независимость. Высказали они свои сомнения и относительно избрания Панамы местом проведения будущей ассамблеи американских государств. Москере пришлось внести необходимые изменения, и 21 октября 1822 г. состоялось подписание колумбийско-чилийского Договора о союзе, лиге и конфедерации.
Основные трудности начались после этого. Члены Национального конгресса Чили воздержались от ратификации договора на том основании, что Колумбия, будучи инициатором переговоров, должна первой ратифицировать документ. 30 октября 1822 г. была обнародована новая Конституция Чили, предусматривавшая реорганизацию системы законодательной и исполнительной власти. После этого в стране обострилась борьба между патриотическими силами и кругами землевладельческой и церковной олигархии. В провинциях начались антиправительственные восстания и мятежи. Политический кризис и ухудшение финансового положения вынудили О'Хиггинса отказаться от власти и удалиться в «добровольное» изгнание в Перу. После его отставки Чили на длительный период стала ареной междоусобной борьбы враждующих помещичьих клик, соперничества между светскими и церковными землевладельцами и выступлений нарождавшейся буржуазии. Менялись правительства, распускался конгресс, отменялись конституции, происходили мятежи и заговоры. Вопрос о ратификации чилийско-колумбийского договора повис в воздухе, хотя Колумбия ратифицировала договор в июле 1823 года.
Наиболее серьезные трудности посланца Боливара ждали на Ла-Плате. Задолго до отъезда в Буэнос-Айрес Москера направил министерству иностранных дел этой страны ноту с объяснением целей своей миссии, приложив к ней соответствующий проект договора. Однако это не облегчило его задачу. Формирование аргентинского национального государства на месте бывшего вице-королевства Рио-де-Ла-Плата происходило в ожесточенной борьбе между приверженцами широкой автономии провинций — федералистами и централистами — сторонниками сильной власти главы государства. После распада центрального правительства в 1820 году страна переживала тяжелый период разброда и неурядиц. Большинство членов Национального конгресса даже высказались за установление на Ла-Плате конституционной монархии во главе с герцогом Луккским, принадлежавшим к роду Бурбонов. Но этот непопулярный проект был обречен на неудачу. В Буэнос-Айресе не прекращались междоусобицы.
Внутренние провинции находились во власти местных военачальников, так называемых каудильо, связанных с крупными землевладельцами. Во имя сохранения своих привилегий они отвергали любую центральную власть и требовали сохранения безграничной автономии провинций.