В 1898 году началась испано-американская война, Соединенные Штаты развязали первую в мире империалистическую войну, войну за передел мира. Лихие атаки негритянской конницы в бою у Сан-Хуана, захлебывающиеся от восторга газетные репортеры, восхваления храбрости, выносливости, воинского умения американских чернокожих солдат — все это дезориентировало многих негров, увлеченных волной шовинизма, захлестнувшей США. Дюбуа не поддался этим настроениям, он осудил испано-американскую войну как империалистическую. Дюбуа активно поддержал созданную 17 октября 1899 года Антиимпериалистическую лигу.’ Вместе с этой антивоенной организацией он осуждал «истребление филиппинцев как ничем не оправданное варварство» Дюбуа был в этот ответственный момент среди тех лидеров негров, которые заявляли, что империалистическая экспансия «означает распространение расовой ненависти и жестокости варварских судов Линча и крайних несправедливостей по отношению к людям темной кожи» Дюбуа был вместе с теми неграми, которые после начала испано-американской войны призывали создать «национальную негритянскую лигу для борьбы с экспансией, империализмом, трестами и судами Линча».
В конце XIX века в США мало кто интересовался европейскими и мировыми проблемами. И Дюбуа был среди тех немногих, кто внимательно следил за развитием мировых событий и пытался понять тревожную суть этих событий, уяснить, почему мир потрясают беспрерывные войны, в чем причина все более усиливающейся тенденции к самой оголтелой внешнеполитической экспансии со стороны всех империалистических держав.
Тщательное изучение расовой проблемы в мировом масштабе, скрупулезное исследование колониального вопроса помогли Дюбуа сделать вывод, к которому не смогли прийти многие деятели, претендовавшие на роль социалистических лидеров. В 1913 году на страницах редактировавшегося им «Крайсиса» Дюбуа заявил, что борьба за колонии является главной, если не единственной, причиной войн между империалистическими державами.
Дюбуа дал ревную отповеди американским империалистам, совершившим открытую интервенцию против Мексики с целью удушения мексиканской революции 1910–1917 годов. Когда США в 1916 году вторично ввели свои войска в Мексику, Дюбуа заявил, что нападение американских вооруженных сил на южного соседа является войной, в которой «черные сражаются за свободы белого человека», он предсказывал, что «в одно прекрасное утро черные узнают, как надо сражаться за самих себя».
И вот началась первая мировая война, чудовищная бойня народов, равной которой не знала мировая история. Много ошибок и заблуждений было у Дюбуа в годы войны, в вопросе об оценке характера войны, об отношении американских негров к вопросу об участии в войне.
В значительной мере ошибки Дюбуа в годы первой мировой войны были вызваны тем, что он не имел необходимого представления об ужасах войны, не представлял, сколь позорный характер носила дискриминация негров в армии США. Когда после подписания перемирия Дюбуа выехал в Европу, увидел собственными глазами страшные последствия войны, обильно политые кровью поля сражений, землю, изуродованную окопами, траншеями и орудийными снарядами, у него на многое раскрылись глаза.
Дюбуа опубликовал по возвращении в США серию статей о жесточайшей дискриминации в американских вооруженных силах солдат-негров, вызвавших приступ бешеной злобы у американской реакции. В многочисленных статьях, опубликованных Дюбуа в первые послевоенные годы, в его лекциях все более отчетливо проявляются антивоенные настроения. В 1919 году Дюбуа созвал первый Панафриканский конгресс, на котором отчетливо прослеживалась антивоенная тенденция, стремление к такому урегулированию проблемы колоний, которая способствовала бы сохранению и упрочению мира. Дюбуа прямо заявил, что если не будет найдено отвечающее интересам народов Африки решение колониальной проблемы, то вторая мировая война станет неизбежной.
Столь же очевидной была и антивоенная направленность последующих Панафриканских конгрессов, в созыве и в работе которых активно участвовал Уильям Дюбуа.