И такая возможность представилась Дюбуа во время его работы в качестве учителя в Теннесси. Недалеко от того селения, где учительствовал Дюбуа, был небольшой запущенный поселок, громко называвшийся городом Александрия. Поселок был грязный и захламленный, неблагоустроенный, но в нем имелись две негритянские церкви, являвшиеся центром духовной и общественной жизни всей округи. Каждое воскресенье сюда стекались негры со всех окрестных ферм и селений. Впервые услышанные богослужения в негритянской церкви произвели огромное впечатление на Дюбуа: «Под сводами церкви в эти дни то нежно звучали, то гремели религиозные мелодии и раздавались могучие звуки негритянских песнопений… едва вы попадали в Александрию, до вашего слуха доносились лившиеся из церкви звуки пения — мелодичного, волнующего, потрясающего; звуки росли, а потом печально замирали… меня больше всего поражало крайнее возбуждение толпы верующих негров. Казалось, какой-то тайный ужас витал в воздухе и охватывал их — какое-то безумие пифий, демоническая одержимость, и это придавало жуткую реальность словам и мелодии. Черная, тяжелая фигура проповедника раскачивалась, вздрагивая, слова, толпясь, срывались
Отношение к церкви самого Дюбуа определялось теми условиями, в которых он жил, и теми традициями, которые господствовали на его родине. Он не был чрезмерно религиозен, но, как и все жители Новой Англии, исполнял церковные обряды. По приезде в Нашвилл Дюбуа заболел брюшным тифом. Крепкий, молодой организм переборол недуг, вскоре он поправился и, очевидно, под настроение вступил в конгрегационную церковь, имевшуюся при колледже.
Но молодой студент очень скоро разочаровался и в церкви и главным образом в ее наставниках. Причина этого была несколько неожиданной. Однажды один из служителей церкви в присутствии всех собравшихся на богослужение упрекнул Дюбуа и еще нескольких других студентов за то, что они танцуют. Этот упрек ошеломил Дюбуа, который, как и все другие студенты, не видел в танцах никакого греха. С присущей ему прямотой Дюбуа открыто высказал свое мнение на этот счет, чем привел в ярость служителя культа. После этого случая Уильям вообще отказался от участия в каких-либо религиозных организациях.
Многие товарищи Дюбуа по Университету Фиска избрали духовную карьеру, которая обеспечивала материальное благополучие и значительный вес в обществе. У Дюбуа, бывшего одним из первых учеников, были все возможности пойти по этому проторенному пути. Более того, ректор колледжа настойчиво предлагал ему стипендию в Хартфордской богословской семинарии. Дюбуа решительно отверг все посулы. Во-первых, он мечтал о продолжении своего образования, но светского, а не духовного. А главное — прямому и честному до резкости Дюбуа всегда претило делать или говорить то, во что он не верил. Дюбуа так определял свое отношение к религии: «Я слишком мало верил в догматы христианской веры, чтобы стать священником». И с присущей ему иронией он продолжал: «Не скажу, чтобы я не соблюдал христианских заповедей: я в жизни ничего не крал, будь то ценности материальные или духовные; я не только никогда не лгал, но, наоборот, говорил то, что считал правдой, даже в самых неблагоприятных обстоятельствах; я не пил спиртного и не знал женщин — ни с физической, ни с психологической стороны, над чем, не слишком мне доверяя, весело смеялись мои более просвещенные приятели. Я прежде всего верил в необходимость трудиться — систематически, неустанно».
Дюбуа никогда не был кабинетным ученым. История, социология, философия и другие общественные науки, в развитии которых он оставил столь заметный след, понимались им так: общественные науки должны служить обществу. Главные интересы Дюбуа концентрировались на негритянской проблеме, но отнюдь не замыкались на ней. Он все больше приходил к выводу, что для правильного решения негритянского вопроса надо знать весь комплекс сопутствующих ему проблем. И уже в Университете Фиска Дюбуа проявляет большой интерес к политике. Он следит за соперничеством двух главных буржуазных партий — республиканской и демократической, за упорной битвой между Хейсом, Гарфильдом, Артуром и другими лидерами партий в борьбе за политическое верховенство. Знакомится с развертывавшимся тогда популистским движением, отражавшим резкое недовольство широких трудящихся масс страны все усиливавшимся засильем крупного капитала.