Основные мероприятия «нового курса» проводились в жизнь уже после того, как Дюбуа вышел из НАСПЦН и не принимал столь активного, как раньше, непосредственного участия в негритянском движении.
С 1934 года Дюбуа вновь вернулся в Атлантский университет. Вместе с ректором университета Джоном Хоупом Дюбуа развернул бурную деятельность, направленную на то, чтобы превратить Атлантский университет в самое лучшее высшее учебное заведение на Юге США. Деятельность эта, наталкиваясь на многочисленные препятствия, проходила с переменным успехом. Успехов стало значительно меньше, а препятствий несравненно больше, когда в 1936 году неожиданно скончался Джон Хоуп, горячий энтузиаст высшего образования для негров.
Как истинный ученый, Дюбуа прекрасно понимал, что наука не может развиваться без постоянного воспроизводства кадров научных работников. И он уделял огромное внимание решению этой проблемы; как и в первый раз, когда он работал в Атлантском университете, Дюбуа половину своего времени отдавал занятиям с аспирантами. Многие из его аспирантов получили потом ученые степени и успешно продолжали дело своего учителя.
Опираясь на активную поддержку Джона Хоупа, Дюбуа решил возродить в Атлантском университете изучение истории и современного положения негров. И опять встала вечная проблема — где изыскать средства на эти научные исследования. С большим трудом была найдена небольшая сумма на проведение подготовительных — работ, и в апреле 1941 года Дюбуа созвал первую конференцию, в работе которой приняли участие многие видные деятели, работавшие в негритянских университетах и колледжах.
Но дальнейшая работа застопорилась из-за отсутствия средств, и Дюбуа пришлось совершить продолжительные поездки по всем негритянским учебным заведениям Юга, чтобы объединить усилия негритянских университетов и колледжей в деле изучения негритянских проблем. В реализации своих планов Дюбуа столкнулся не только с обычными трудностями финансового и организационного порядка. США вступили во вторую мировую войну, и это во много раз усложнило решение вопроса о возобновлении научных исследований истории и современного положения негров.
Дюбуа проявил огромную силу воли, колоссальную энергию и настойчивость, затратил уйму времени, но все же в апреле 1943 года созвал в Атлантском университете первую конференцию государственных негритянских колледжей с целью согласования программы социологических исследований. В работе конференции приняли участие 34 человека от 30 учебных заведений. Совещание носило не только организационный характер, было зачитано много интересных докладов и сообщений, сделан ряд выставок…
Дюбуа с огромным воодушевлением занимался организацией и проведением этих научных изысканий, видя в них не только важный вклад в науку, но и с полным основанием рассматривая их как важную практическую помощь неграм и в борьбе за завоевание равных прав с белыми. Дюбуа был глубоко прав, считая, что изучение положения негров во время и после войны будет иметь исключительно важное значение для успешного руководства в будущем негритянским движением. «В период социальных перемен, — писал Дюбуа, — усилятся расовые конфликты, увеличатся нужда и безработица. В такой момент нам нужно располагать точными, тщательно проверенными социологическими критериями, надежной техникой и методикой исследований, в период больших социальных сдвигов не будет ни времени, ни возможности начинать новые тщательные исследования. Если мы начнем сейчас изучение экономических и социальных условий жизни негров и проведем его в масштабе всей страны, то в период послевоенного затишья оно будет служить ценным руководством для переустройства общества и установления прочного мира в стране».
Весной 1944 года планировалось созвать вторую конференцию представителей негритянских учебных заведений, согласившихся принять участие в коллективных исследованиях негритянской проблемы. Но этим планам не суждено было сбыться, так как руководителя этих работ Уильяма Дюбуа без всякого предупреждения уволили в отставку с должности профессора и декана факультета социологии Атлантского университета.
Это была настоящая катастрофа, крушение всех жизненных планов и, главное, полный крах научной работы, составлявшей смысл его жизни, работы, которая началась столь успешно и обещала в будущем дать блестящие результаты. Это был удар, от которого мало кто мог оправиться. В семьдесят шесть лет оказаться без работы, без каких-либо значу тельных сбережений и без надежды получить какой-либо устойчивый источник существования для себя и своей семьи — от всего этого можно было полностью потерять присутствие духа.