Всего по Москве на нелегальное положение было переведено 43 работника центрального аппарата НКВД, 28 сотрудников Управления НКВД Московской области. По состоянию на 3 ноября 1941 г. для деятельности в Москве и Подмосковье было подготовлено 676 человек, из них 553 человека должны были действовать в столице. Из общего числа нелегалов 241 человек был подготовлен для разведки, 201 – для диверсий, 81 – для терактов, 153 человека – для распространения листовок и слухов.
Все члены агентурной сети были проинструктированы на самостоятельные действия в случае потери связи. Оперативный состав, переведенный на нелегальное положение, и часть агентуры обеспечивались продовольствием на 2–3 месяца.
Главным резидентом московского подполья предстояло стать начальнику II Управления НКВД СССР П. В. Федотову. Он хорошо знал столичную агентурную сеть, а с наиболее ценными источниками был знаком лично.
«Организация агентурного подполья в Москве, – вспоминает П. А. Судоплатов, – имела свои принципиальные отличия. Намечалось создать два агентурных аппарата. Один – на базе связей и контактов людей из партийно-советского актива. Другой аппарат должен был подбираться из людей, совершенно не контактировавших с этим активом в прошлом. Двум независимым друг от друга резидентурам предписывалось оперативные и боевые задачи решать самостоятельно. Меркулов предложил вначале, чтобы я стал главным нелегальным резидентом НКВД по Москве в случае занятия ее немцами. Я дал согласие, однако Берия аргументированно возразил Меркулову. Было принято (не оформленное приказом по наркомату) решение назначить на эту работу начальника центрального аппарата контрразведки П. Федотова с подчинением ему всех резидентур, которые создавались по линии НКВД и партийно-советского актива. Это решение сейчас кажется спорным. Ведь ни в коем случае не следовало давать какую-либо, даже минимальную возможность немецким спецслужбам захватить фигуру такого уровня. Берия обосновал это назначение тем, что Федотов лично хорошо знал партийно-советский актив столицы и большую часть агентуры НКВД, которую намечалось оставить на подпольной работе. Это обстоятельство, конечно, позволяло бы Федотову в экстремальной обстановке принимать решения об использовании оперсостава и агентуры с учетом деловых качеств лично ему известных людей».
Руководителями резидентур также назначались: начальник КРО УНКВД Московской области капитан госбезопасности С. М. Федосеев, начальник ЭКО НКВД СССР, старший майор госбезопасности П. Я. Мешик и помощник П. А. Судоплатова старший майор госбезопасности В. А. Дроздов.
Агентурной сети П. Я. Мешика следовало организовывать диверсии на транспортных объектах Москвы. Дроздову и его людям поручалось проведение дезинформационной работы в оккупированном городе. Незадолго до начала битвы под Москвой он был устроен на работу в качестве заместителя управляющего аптечным хозяйством города Москвы. Дроздов должен был предпринять попытку войти в доверие к немцам, для чего сразу после оккупации города передать им партию медикаментов. После этого открывшиеся возможности в немецкой администрации предполагалось использовать для дезинформации противника и распространения листовок.
Для групп и одиночек в Москве и Московской области были подготовлены конспиративные квартиры, склады с оружием, боеприпасами, взрывчатыми и зажигательными веществами, ядом, горючим, продовольствием, а также созданы явки под видом мастерских, магазинов, парикмахерских, в которых должны были ремонтироваться радиоаппаратура, оружие и изготавливаться спецсредства для оперативных групп. Все группы были снабжены мощными переносными радиопередатчиками.
Участники оперативно-боевых и диверсионно-разведывательных групп, а также одиночки снабжались необходимыми документами прикрытия. Их устраивали на работу в качестве владельцев кустарных мастерских, торговых палаток, аптек, преподавателей, артистов, шоферов, сторожей, служителей церкви и т. п. Семьи подпольщиков эвакуировались вглубь страны.
Особое внимание уделялось подготовке оправдательных документов о причинах, побудивших конкретных лиц остаться в оккупированной Москве. С этой целью изготовлялась фиктивная переписка с родственниками, которая легендировалась по всем правилам почтовых отправлений. В кратчайшие сроки были изъяты, уничтожены или заново переписаны многие домовые книги.
Оперативными группами и одиночкам были отработаны задания, способы связи и пароли; велись занятия по стрелковому делу, осуществлению диверсий, проведению террористических актов возмездия, психологии поведения на допросах в случае задержания и ареста. С радистами периодически отрабатывались учебные сеансы радиосвязи.