Летом 1940 г. в результате политических маневров и силового давления, предпринятого высшим руководством ВКП (б), в состав СССР вошли Бессарабия, Буковина, Латвия, Литва и Эстония. Присоединение территорий бывшей Российской империи вновь осуществлено без использования специальных структур Коминтерна. Красная армия десантировала 201-ю и 204-ю воздушно-десантные бригады в районе Болграда и Измаила. С этого момента именно воздушно-десантным войскам отводилась роль подразделений, в случае войны обеспечивающих блокирование коммуникаций противника. Как оказалось впоследствии, это было ошибкой.
«Для немцев, – вспоминал П. А. Судоплатов, – собственно, в этом ничего нового не было. Ведь занятие Прибалтики в ходе секретных советско-германских соглашений было оговорено. Однако мы не раскрывали подробно своих планов, и немцы считали, что советская сторона, согласно подписанным договорам, ограничится только вводом войск прикрытия на территорию Прибалтики. События же, произошедшие в июне – июле 1940 г., застали немцев врасплох, причем в то время, когда их военная машина была запущена на Запад, и переориентировать авиацию, сухопутные войска, флот, чтобы противодействовать нашему утверждению в Прибалтике и Бессарабии, было невозможно. Поэтому в то время Гитлер вынужден был сделать хорошую мину при довольно неудачной игре.
Немецкая сторона послала своим дипломатическим представителям телеграмму, которая была перехвачена нами. В ней говорилось, что беспрепятственное укрепление русских войск в Литве, Латвии и Эстонии и реорганизация правительств, произведенная советским руководством с намерением обеспечить тесное сотрудничество с этими странами, касается только России и Прибалтики. Делалось предупреждение: избегать какого-либо осложнения в российско-германских отношениях.
Получение информации об этой директиве было исключительно важным, поскольку давало нам дополнительные возможности чувствовать себя уверенно в проведении всех акций в Прибалтике. <…>
Говоря о событиях, происходивших в 1940 г. в Латвии, Литве и Эстонии, хотелось бы отметить главное – наши войска вошли туда совершенно мирно, на основе специальных соглашений, заключенных с законными правительствами этих стран. Другой вопрос, что мы диктовали условия этих соглашений, и не без активного участия нашей дипломатии и разведки. Надо сказать и о том, что вряд ли нам удалось бы так быстро достичь взаимопонимания, если бы все главы прибалтийских государств – Ульманис, Сметона, Урбшис и Пяте, в особенности латышское руководство, Балодис, Мунтерс, Ульманис, – не находились с нами в доверительных секретных отношениях. Их всегда принимали в Кремле на высшем уровне как самых дорогих гостей, обхаживали, перед ними, как говорится, делали реверансы.
Существенную роль сыграли и наши оперативные материалы, особенно для подготовки бесед Сталина и Молотова с лидерами Литвы и Латвии – Урбшисом и Мунтерсом. Мы могли позволить себе договариваться с ними о размещении наших войск, о новом правительстве, об очередных компромиссах, поскольку они даже не гнушались принимать от нашей резидентуры и от доверенных лиц деньги. Это все подтверждается архивными документами.
Таким образом, никакой аннексии Прибалтики на самом деле не происходило. Это была внешнеполитическая акция советского правительства, совершенно оправданная в период, предшествующий нападению Германии, связанная с необходимостью укрепления наших границ и с решением геополитических интересов. Но они не могли быть столь эффективно проведены без секретного сотрудничества с лидерами прибалтийских государств, которые и выторговывали для себя лично, а не для своих стран соответствующие условия».
После присоединения к СССР новых территорий с враждебно настроенным в большинстве своем населением наибольшая нагрузка легла на плечи пограничников и сотрудников органов контрразведки. Членов антисоветских националистических организаций, ушедших в подполье, спецслужбы Германии использовали для проведения разведывательной, агитационно-политической и диверсионной работы.
К середине 1940 г. руководству ВКП (б), и в первую очередь Сталину, стало понятно, что надежды на затяжную войну Германии с западными странами не оправдались. После быстрого разгрома Германией войск союзников, оккупации Франции и появившейся возможности перемирия Германии с Англией наиболее неблагоприятным вариантом для СССР представлялась война с Третьим рейхом один на один. В этих условиях приобретение военно-политических союзников стало для руководства СССР приоритетной задачей.