Следует особо отметить, что оперативная обстановка зависела от оккупационного режима в различных областях занятой гитлеровцами советской территории. Наиболее жесткий оккупационный режим наблюдался в Белоруссии, западных областях РСФСР и на Украине. На особом положении находились страны Прибалтики, население которых в меньшей степени оказывало вооруженное сопротивление немецким захватчикам.
Гитлеровские спецслужбы активно действовали на оккупированной территории, на которой между ними и органами государственной безопасности СССР развернулась жесткая борьба. Фашистам на первом этапе войны удалось захватить инициативу в свои руки благодаря более тщательной подготовке своих акций, успехам вермахта на фронте и слабому противодействию советской стороны. Военно-политическая работа оккупантов была направлена на дезориентацию мирного населения, которому внушалась мысль о неизбежности победы фашистской Германии и бесполезности сопротивления нацистам. Немецкие пропагандисты утверждали в своих выступлениях, что война ведется не против русского народа, а с коммунистическим режимом.
В 1941 году немецко-фашистские захватчики видели роль населения России лишь в экономической поддержке оккупантов, в 1942 году стали создаваться охранные отряды, национальные и добровольческие легионы, куда призывались мирные жители и военнопленные. В 1943 году гитлеровцы предприняли попытку развязать на территории России новую гражданскую войну, для этого ими противопоставлялись народ и его руководство. На всем протяжении оккупации захватчики доказывали, что война, которую ведут Красная Армия и партизаны, есть борьба не за свободу отечества, а за сохранение сталинского режима.
Немецко-фашистские оккупационные службы, столкнувшись с активным сопротивлением советского народа, в конечном счете не смогли до конца реализовать ни одну свою акцию. В условиях провала плана молниеносной войны немецко-фашистские оккупанты сделали ставку на привлечение части населения на свою сторону. Начало коренного перелома в Великой Отечественной войне, наступившего после победы Красной Армии под Сталинградом, сорвало планы германского Министерства пропаганды, направленные на массовое создание вооруженных формирований из населения Советского Союза. Абвер и гестапо использовали весь свой мощный потенциал для подавления партизанской борьбы советского народа. Фашистская агентура на протяжении всей войны внедрялась в партизанские формирования. Все это требовало огромной работы органов государственной безопасности по противодействию спецслужбам противника.
Чекисты формировали партизанские отряды и оставляли их при отступлении Красной Армии на оккупированной противником территории, забрасывали в тыл врага диверсантов и оперативные группы ОМСБОН НКВД СССР. Многие из этих групп по приказу руководства либо исходя из оперативной обстановки становились партизанскими отрядами. За годы войны для выполнения особых заданий в тылу врага только на базе ОМСБОН НКВД-НКГБ СССР было подготовлено 212 специальных отрядов и групп общей численностью 7316 человек. Всего за линию фронта заброшено более 2000 оперативных групп.
Чекисты сыграли значительную роль в организации разведывательно-диверсионной деятельности партизан и подпольщиков на всех ее стадиях – от подготовки и обучения кадров до определения конкретных методов и приемов агентурной работы.
Войсковую разведку проводили разведывательные подразделения партизан (отделения, взводы, роты и даже отряды), предназначенные для получения данных о враге путем захвата пленных, различных документов, образцов военной техники, а также посредством наблюдения и опроса местного населения. Агентурная разведка велась с помощью агентов, которые внедрялись в различные органы, организации и учреждения противника, воинские формирования, на предприятия и транспорт. Непосредственную работу с агентурой вели в большинстве своем сотрудники органов государственной безопасности.
Необходимым условием успешной разведывательной деятельности партизан было наличие развитой и устойчивой системы связи, которая должна была обеспечить быструю и полную доставку полученной и обработанной информации. Для передачи разведывательных данных партизан широко использовались радиосвязь и авиация.
Однако имелись и существенные недостатки. Одним из них было отсутствие у партизанской разведки технического вооружения. Другим определенным недостатком было нарушение принципа строгой конспирации работы разведывательной агентуры. Крупнейшим недостатком также было отсутствие у разведывательных групп и резидентур портативных радиоаппаратов ближнего действия, по которым они могли бы, получая срочные и важные разведывательные сведения, передавать их в штаб отряда или бригады. Еще одним недостатком партизанской разведки явилось то, что она работала главным образом в интересах обеспечения боевых действий партизанских сил. Подавляющее большинство разведорганов недостаточно вело разведку для нужд Красной Армии.