Решая специальные задачи в партизанских формированиях, советские чекисты особое внимание все же уделяли борьбе с проникновением вражеской агентуры в ряды партизан, поскольку ее информация позволяла противнику целенаправленно готовить и эффективно проводить карательные акции. В годы Великой Отечественной войны эта борьба имела широкий размах. Только на Украине, по данным разведотдела Украинского штаба партизанского движения, партизанской контрразведкой было выявлено 9883 шпиона, изменника и других пособников врага, из них только шпионов гестапо – 1998 человек.
Оперативно-чекистские группы, работавшие в партизанских отрядах, по существу, выполняли функции Особых отделов в действующей армии. Руководство НКВД СССР хорошо понимало важность контрразведывательной работы в тылу противника. Так, в каждый отряд ОМСБОН НКВД, переброшенный в тыл противника для ведения разведывательно-диверсионной работы, а впоследствии и партизанские формирования, образованные из этих групп, направлялся оперативный работник, выполняющий свои специфические функции. Если требовалось, помимо своей непосредственной работы он имел шифр и коды к рации, которые не были известны даже командиру и комиссару отряда.
Специальные операции органов государственной безопасности на оккупированной советской территории являлись одним из важнейших направлений зафронтовой работы. Большая работа проводилась по захвату сотрудников специальных служб противника, их агентов и пособников, по разложению полицейских и иных изменнических формирований. Гитлеровцы на оккупированной территории, особенно в районах партизанского движения, создали большой полицейский аппарат, целые полицейские части и гарнизоны. За весь период работы, например, орловских чекистов в тылу противника, из полицейских формирований перешло к партизанам около четырех тысяч человек. Многие из них хорошо показали себя в боях с оккупантами и были отмечены поощрениями, а некоторые были удостоены правительственных наград. Как показала практика, действенную форму борьбы против предательства имела гласная публикация имен изменников Родины.
Основным средством разложения антисоветских воинских формирований являлась специально подготовленная и внедренная в подразделения этих формирований агентура чекистских органов. Она распространяла антифашистские листовки, сводки Совинформбюро, своевременно получала информацию о настроении личного состава, собирала данные об отношении германского командования и его разведывательных органов к тому или иному формированию, офицерскому составу, устанавливала доверительные отношения с отдельными военнослужащими, которых обрабатывали с целью последующей вербовки в качестве агентов органов государственной безопасности.
Нельзя не отметить деятельность органов государственной безопасности по выявлению и противодействию негативным явлениям, имевшимся в некоторых партизанских формированиях. Следует подчеркнуть, что до настоящего времени не было принято писать об этом. Нарушение воинской дисциплины, принятие в партизанские отряды подозрительных лиц без проверки, факты злоупотребления своим положением – вот неполный перечень негатива, выявлявшегося оперативными работниками и агентами органов государственной безопасности. Противоправные действия отдельных бойцов и командиров партизанских формирований не были распространенным явлением. Вышестоящее руководство в лице партийных органов, Центрального штаба партизанского движения тщательно проверяли информацию, представленную органами государственной безопасности по таким фактам, и безапелляционно наказывало виновных.
Порой случались ошибки самих оперативных работников органов госбезопасности, обслуживающих партизанские отряды. Некоторые чекисты зачастую не доводили до конца допросы и следствие по делам немецких агентов, засылаемых противником в партизанские отряды. Задержанные агенты немецких спецслужб расстреливались сразу же после признания о своей причастности к разведке противника, не подвергаясь тщательному предварительному допросу по существу полученных заданий и об известных им других фашистских агентах. Многое здесь, по мнению автора, объясняется специфическими условиями, в которых приходилось работать контрразведчикам. Содержать арестованных агентов противника было негде. Тюрем в лесу, естественно, не было. А если отряд находился в рейде или вел бои с карателями, то после установления причастности кого-либо к спецслужбам врага эти лица сразу же подлежали ликвидации.