Что же касается собственно священнического служения отца Иоанна, то оно тоже оставалось прежним — Богослужения, требоисправлсиия, катехизаторство, проповедничество, духовничество, исполнение обязанностей депутата по Кронштадтскому благочинию… И все это было подчинено одной главной цели, которую он обозначил такими словами, обращенными столько же к прихожанам, сколько и к себе: «Внушать каждому христианину, что по душе своей он принадлежит к миру духовному, вечному, к ангельскому и к миру святых Божиих, ликующих на небесах, с которыми может сообщаться посредством молитвы, а по телу — к миру вещественному, временному, преходящему, чтоб он все силы души устремлял чаще к горнему миру — к своему истинному отечеству и презирал дольний — все, что льстит в нем плоти<…>. Но прежде всего, о иерей, исполняй это на деле сам, да иных можешь научить, да не скажут тебе:
Тем же «пастырем добрым» был отец Иоанн и на своей «побочной должности» — преподавании Закона Божия к гимназии. В самом начале настоящего дневника он наметил «программу», а вернее, характер своего законоучительства: «Преподавание должно быть не обширное, но единичное (единство идеи) и возможно ясное и сильное, а не вялое» (там же, с. 12). И здесь же заметил: «Вперед совершать молитву умно и писать объяснение молитв для детей». В дневнике появляется такое «Объяснение гимназистам утренних и вечерних молитв», тропарей троичных и псалма «Помилуй мя, Боже…» (там же, с. 32 51).
На страницах дневника появляются записи–размышления, свидетельствующие об огромном таланте отца Иоанна — педагога и даже наставника педагогов. «Приносит ли пользу невольная, наружная молитва?» — вопрошает он. И отвечает: «Нет. Она противна Богу. То же разумей и о учении. Учение невольное, буквальное не приносит пользу. Как невольный молитвенник только слова перебирает, а силы их часто не понимает и не чувствует, и не просвещает, не согревает и не оживотворяет ими сердца своего, — так и невольный ученик. Надо приучать добровольно учиться, надо учить размышлять о том, что говорят» (там же, с. 214).