Очень большое значение епископ Николай уделял посещению церквей. По городу он обычно ходил пешком. Во время же объездов епархии ездил в тележках или верхом. О торжественных и богатых выездах никогда не было и речи. На поездки по Японии у него ежегодно уходило до двух месяцев, при этом в каждой, пусть даже самой маленькой, общине он старался провести не менее двух-трех дней. Его посещения были праздником. Он знакомился с жизнью общины, посещал дома христиан, говорил поучения и утешал своих чад. Он никогда не оскорблял религиозных чувств японцев, никогда не порицал последователей буддизма, и потому даже среди бонз у него было немало друзей. Он писал: «Сердце тут нужно, способность проникнуться нуждами ближнего, почувствовать скорби и радость ближних, точно свои». Служил он очень просто, не торопясь. Д. М. Позднеев пишет, что с особой нежностью святитель Николай относился к старейшей Хакодатской церкви и очень скорбел, узнав о том, что и она сгорела во время большого хакодатского пожара. Он смотрел на Хоккайдо с большой надеждой и всегда говорил, что тамошние жители наиболее склонны к принятию христианства.
«Жизнь человеческая — по преимуществу жизнь духа, и только в области духовной могут быть связаны и отдельные люди, и целые народы истинно прочной связью. Счастлива будет Япония, если она, помимо католичества и протестанства, прямо примет истинное христианство».
Особой его любовью пользовалась и маленькая община православных курильцев (айнов, переселенных с Сюмусю) на острове Шикотан. Выезд с острова для этих бывших российских подданных был запрещен. Правительством были приняты меры к распространению среди айнов японского языка и к насаждению у них буддизма. С этой целью на Шикотан прибыл буддийский бонза, в течение нескольких лет проповедовавший буддизм. Отец Николай вначале послал на остров отца Тита Комацу с переводчиком Алексеем Савабе, затем — катехизатора Саито Раку, оставшегося у айнов.
Отец Тит Комацу пишет: «Когда я прибыл в Токио с Шикотана, то немедленно же доложил о положении дел епископу. Епис-коп молча плакал и после некоторого времени сказал мне: "Ты их ближайший пастырь и священник и должен осуществлять на деле слова нашего Господа Иисуса, а потому подумай об этом обстоятельно"». Японская Православная Церковь начала сбор пожертвований в пользу шикотанских айнов. С этой поры между маленькой шикотанской общиной и Японской церковью установилось духовное единение, тщательно поддерживавшееся отцом Николаем.
В 1884 году на вершине холма Суругадай началась постройка собора Воскресения Христова, длившаяся семь лет . В основу собора, как и большинства японских православных храмов, положен «классический византийский "минимум" греческого креста с возвышающимся над ним плоским куполом». Освящение храма состоялось 24 февраля 1891 года. На это торжество съехалось 16 японских священников и более 4 тыс. христиан . Пять или шесть дней в Токио было ненастье. Такого же дня ждали и 24 февраля. Однако в этот день погода совершенно исправилась и на куполе величественного собора заиграло солнце. Вместе с епископом служили 19 священников и 4 диакона. Пел хор, состоявший из 150 семинаристов и учениц Женской школы.
«Собор будет памятен, буден изучаем, подражаем многие не десятки, а, смело говорю, сотни лет, ибо храм действительно — замечательнейшее здание в столице Японии, здание, о котором слава разнеслась по Европе и Америке еще прежде его окончания и которое, ныне будучи окончено, по справедливости вызывает внимание, любопытство и удивление всех, кто есть или кто бывает в Токио».
Японцы спрашивали православного епископа, зачем он построил такой огромный храм, и на это отец Николай отвечал, что это сейчас собор кажется велик, а пройдет двести лет — и он будет мал .
Сам епископ Николай занимал в этом соборе две маленькие комнатки, одна из которых служила гостиной (ее единственным украшением была гравюра с «Мадонны» Рафаэля), а другая совмещала функции кабинета и спальни.
Главным делом святителя, начатым еще в Хакодате, был перевод на японский язык Священного Писания и богослужебных книг. Еще в 1869 году святитель Николай писал: