Тот расцвет, который ренессансная архитектура получила на русской почве, был, конечно, не случаен. Художественные принципы Ренессанса лучше рифмовались с принципами византийско-русской православной архитектуры, нежели готика, которой была застроена остальная часть Северной Европы. Итальянская архитектура не прижилась ни во Франции, ни в Германии, ни в Польше, зато оказалась совершенно органична в России. И сегодня оказавшись на севере Италии — в Вероне или Милане, невозможно не испытать восхищенной растерянности от узнавания «кремлевских» зубцов на стенах замков Скалигеров и Сфорца и даже рядом с «балконом Джульетты» в Вероне.
Но, помимо переворота в искусстве, эпоха Ивана III — это и значительный подъём в области литературы и церковной мысли, проходивший в своеобразной форме русской контрреформации. Основные литературные достижения этой эпохи связаны с полемикой защитников Православия против ереси жидовствующих, пользовавшихся определенным попустительством Великого Князя. Полемику против еретиков вели святитель Геннадий Новгородский, наряду с собственными посланиями инициировавший первое полное русское издание Библии (недостававшие в старых славянских переводах части были заново переложены с латыни) и преподобный Иосиф Волоцкий, написавший обширный «Просветитель» и сформулировавший принцип «Русская земля ныне благочестием всех одолела».
«И якоже древле нечестием всехъ превзыде Руская Земля, тако и ныне благочестием всехъ одоле. Во инехъ бо странах аще и мнози быша благочестивии и праведнии, но мнози беяху и нечестивии, и невернии, с ними живуще и еретическая мудръствующа. В Рустей же земли не токмо веси и села мнози сведоми, но и гради мнози суть единаго пастыря Христа едина овчата суть, вси единомудръствующе, и вси славяще Святую Троицу» — такова сформулированная в «Просветителе» преподобным Иосифом Волоцким именно в царствование Ивана III доктрина русского «православного национализма», в котором основанием национальной гордости выступает верность евангельскому слову и неповрежденному церковному учению.
В полемике с ортодоксально-националистическим направлением Геннадия и Иосифа оформляется мысль «нестяжателей», возводивших себя (не всегда обоснованно) к Нилу Сорскому, выступавшему за обращение к чуждому мирских дел аскетизму и сравнительно снисходительное отношение к еретикам.
Из околоеретических кругов, связанных с Еленой Волошанкой, вышли «Сказание о князьях Владимирских», возводившее русских государей к родичу Августа Кесаря — Прусу и «Сказание о Дракуле» — написанный Фёдором Курицыным первый учебник политического макиавеллизма до Макиавелли. В начале XVI века, как закономерный итог «иоанновской» культурной революции, расцветает самобытная русская публицистика.
Наименее ярким оказался образ Ивана III, как ни парадоксально, в истории Русской Церкви. Святым боголюбцем, в отличие от многих своих предшественников и преемников, он в церковной памяти не остался. Для Великого князя был характерен значительный вероисповедный прагматизм, отсутствие той глубинной религиозности, которые отличали его отца или его внука. В этом в нём тоже чувствовалось ренессансное начало. В окружении Великого Князя были и многочисленные католики-итальянцы, и еретики-жидовствующие, как дьяк Фёдор Курицын. Он каждому находил применение.
Однако удивительным было смирение Великого князя перед Церковью. В решающую минуту он никогда не ставил себя выше Неё. Вот сопровождающий Софью Палеолог папский легат Антоний пытается торжественно войти в Москву, неся перед собой латинский крест. Митрополит Филипп I реагирует на это обращенной к Ивану III угрозой:
Покрывая еретиков и еретичествующих иерархов, Великий князь, однако, не мешает святителю Геннадию Новгородскому и преподобному Иосифу Волоцкому обличать ересь и выводить её на чистую воду. В конечном счете, он принимает политическое решение: вырвать ядовитые корни ереси с Русской Земли. Источники не позволяют нам в полной мере оценить соотношение политических, личных и религиозных мотивов, побудивших Великого князя отказаться от воцарения Димитрия-Внука и покровительства его матери — Елене Волошанке, но промыслительный религиозный смысл событий 1503–1504‐го годов был несомненным. Стоящий на пороге смерти и подводящий итог своему наследию Великий князь сумел стать больше самого себя, выступить не только прагматичным князем Московским, но и православным Государем Третьего Рима. Русская Земля действительно благочестием всех одолела.