Проделанный Антоновым анализ работы морских и речных портов показал, что движение судов происходит крайне неравномерно. При этом, например, суда с одной категорией грузов поступают в порт пачкой, выстраиваются у соответствующего причала в очередь и подолгу простаивают в ожидании разгрузки. А в это время причал для другой категории грузов не имеет работы. Если же с помощью простейших средств (дополнительные транспортерные линии и пр.) обеспечить возможность их взаимопомощи (в пределах, допускаемых физико-химическими свойствами грузов), то непроизводительные простои судов можно свести к минимуму. На основе анализа большого числа таких примеров Антонов выработал общий принцип создания несравненно более экономичных технических систем за счет обеспечения взаимозаменяемости их элементов. Хотя народное хозяйство от такого решения получило бы большой выигрыш, представители ведомств единодушно выступили против этого предложения, поскольку опасались, что в итоге им урежут капиталовложения.
Изучая причины неконтролируемого роста больших городов и запустения периферии страны, Антонов показал ошибочность принятой методологии обоснования размещения новых предприятий. При сравнении вариантов размещения нового предприятия в большом городе и на необжитом месте неизменно оказывается выгодным первое решение. В большом городе уже есть сети энерго– и водоснабжения, канализации, магистрального и городского транспорта и т. п., а на пустом месте все это надо создавать заново. Стремясь сэкономить на затратах, обычно принимается решение разместить предприятие в большом городе.
Однако выгодность такого решения – самообман. Когда не одно, а два, три таких предприятия начинают действовать и наращивать свою мощность, возможности имеющихся сетей городской инфраструктуры оказываются недостаточными. Инфраструктуру приходится реконструировать в сложных городских условиях, со сносом имеющихся строений и пр., что требует несравненно больших затрат, чем при размещении предприятий на необжитом месте. В итоге таких решений вместо ожидавшейся и фигурирующей в отчетах суммы экономий при размещении каждого отдельного предприятия от концентрации их в большом городе вырастает огромный перерасход. А сам город живет в обстановке непрекращающейся реконструкции, отравляющей быт его жителей. При этом возникающие дополнительные расходы всякий раз оказываются неожиданными, и, чтобы найти необходимые средства, приходится перекраивать утвержденные бюджеты, планы строительства и пр. Это существенно снижало эффективность планового ведения хозяйства.
Антонов, проведя анализ большого числа таких решений, предложил ввести в формулы расчетов по технико-экономическому обоснованию размещения предприятий коэффициенты, выведенные на основании анализа ранее осуществленных проектов и учитывающие будущее удорожание развития предприятий при размещении их в большом городе. Это позволило бы устранить практику, приводящую к чрезмерной концентрации промышленности в крупных городах и к громадным излишним затратам. Но это никак не устраивало проектные организации, поставившие обоснование размещения предприятий на поток и не желающие вникать в суть развития экономики, учитывать не ведомственные, а народнохозяйственные интересы.
В 1950 – 60-е годы ученые прозападной ориентации в области общественных наук стали внедрять у нас к месту и не к месту так называемые «экономико-математические методы». На этом были защищены сотни докторских и тысячи кандидатских диссертаций, Антонов, не отрицая необходимости количественных оценок принимаемых решений, выступил с критикой огульного формального подхода к этому важному вопросу. Он очертил сферы, в которых применение математических методов в экономике вполне оправдано и необходимо, и отметил области, в которые эти методы привнесены из спекулятивных соображений. Пузырь со «всеобщей математизацией науки» лопнул со временем сам собой, но тысячи свежеиспеченных лжеученых продолжали свою пустопорожнюю деятельность, отравляя атмосферу в науке и мешая внедрению идей подлинных ученых.
Неприятие властью его предложений, народнохозяйственная эффективность которых казалась очевидной, привело Антонова к выводу об устарелости экономической теории, основанной на марксистских догматах.