За публичные выступления против марксизма Антонов был уволен с работы. Зарабатывал на жизнь, работая почтальоном. В мае 1968 был арестован за участие в «национал-большевистской группе» Александра Фетисова. В отличие от «демократических» диссидентов, ратовавших за «права человека», и от правых диссидентов – русских националистов – группа Фетисова – Антонова, как ее называли тогда зарубежные радиоголоса, критиковала советскую власть не за то, что она советская, а за то, что она была недостаточно советской и пошла на поводу у агентов влияния Запада. Вместе с тем группа Фетисова поднимала вопрос о бедственном положении Русского Народа. За свои убеждения Антонову пришлось испытать все прелести любимой им советской власти. Его посадили в Лефортовскую тюрьму, потом три года держали в «психушке». После заочного суда он прошел по этапам нескольких тюрем: Бутырка – Матросская Тишина – Пресня – Кресты. Находясь в заключении, он подготовил и сумел передать на волю «Программу Партии Русского Народа», оставшуюся, по его словам, невостребованной.
Вышел Антонов на свободу в мае 1971 с удостоверением инвалида, психически больного. Не мог получить постоянную работу в течение 6 лет.
В 1977 в связи со срочной и острой потребностью в специалисте экономического профиля был принят в Институт мировой экономики и международных отношений (ИМЭМО) АН СССР, где проработал до 1987.
В 1981 в журнале «Наш современник» была опубликована статья М.Антонова «Нравственность экономики», где впервые в советской печати был поднят вопрос о необходимости нравственных начал в ведении народного хозяйства. В 80-е Антонов был постоянным автором журналов «Наш современник», «Москва», «Молодая гвардия» и др.
Антонов – автор книг «Нравственность экономики», «Нравственные устои экономики», «НТР: роль человеческого фактора», «Ложные маяки и вечные истины», «Провидец», «Капитализму в России не бывать!», «От лжекапитализма – к тоталитаризму!», «Экономическое учение славянофилов», «Цель номер один. План оккупации России».
В 1989 Антонов был избран председателем основанного несколькими патриотическими организациями Союза духовного возрождения Отечества, редактировал газету Союза «Русский путь», выступал с программными документами острой антиельцинской направленности.
По его мировоззрению Антонова до ареста относили к так называемым национал-большевикам – утопической струе русского патриотического движения, последователи которого пытаются объединить Нила Сорского и Ленина. Получивший обычное советское воспитание, он пытался объяснить происходящее в стране с позиций марксистской теории. Однако после ознакомления с работами Маркса и Энгельса резко антирусского и антирелигиозного характера осознал односторонность и во многом ошибочность их учения и искал новую основу своих взглядов в трудах отечественных мыслителей – от славянофилов до народников и большевиков. Как считал тогда Антонов, высшим взлетом народного самосознания в России в «доленинский период» было «славянофильство», «ленинский период» соответственным образом был значительнее и положительнее, чем вся предыдущая история страны.
За время пребывания в заключении и позднее, под влиянием прочитанного (ранее недоступного) и встреч с верующими православными людьми в мировоззрении Антонова произошел перелом. Если раньше он рассматривал Православие как мощную идеологическую и политическую силу, то теперь ему открылась его духовная и мировоззренческая сторона. Решающим моментом явилась его воцерковление в результате встречи со схииеромонахом Сампсоном (в миру граф Эдуард Сиверс), ставшим для него вплоть до своей смерти духовным отцом.
В 90-е и начале 2000-х Антонов изучал наследие выдающихся деятелей русской экономической и общественной мысли, открыв в нем многое, мимо чего проходили другие исследователи. В частности, он стал первооткрывателем М.В.Ломоносова как «направителя Русского государства», С.Ф.Шарапова как создателя русского национального направления в экономической науке, Ю.Г.Жуковского как крупнейшего национально ориентированного теоретика банковского дела и блестящего русского публициста и др. Но Антонов считает советский период отечественной истории очень важным как в экономическом и культурном, так и в религиозном отношении. (За всю историю христианства не было такого количества святых, как в советское время, а русские богословы и религиозные мыслители в XX веке развили многие стороны христианского учения, чего не наблюдалось ни в какой другой стране христианского мира.) Антонов продолжал и собственные теоретические исследования в области экономики и в мировоззренческих вопросах.
В статье «Время устраивать дом» Антонов показал устарелость понимания «трех источников и трех составных частей марксизма.