В связи с началом войны Николай Александрович с семьей – женой, Наталией Александровной Гурвич, 3-летним сыном Сашей и 11-летней дочерью жены от первого брака Татьяной – осенью 1941 года эвакуируется в г. Улан-Удэ Бурят-Монгольской АССР. В сентябре 1942 года семья переезжает в Ташкент к семье младшего брата Сергея, к тому времени профессора строительной механики. В Ташкенте Николай Александрович занимается реабилитацией раненых, а также им «…за период эвакуации (1942–1943)… вычислены и подготовлены к печати „Пятизначные таблицы десятичных логарифмов“, получившие одобрение Московского математического общества»[10]
. В 1943 году семья возвращается в Москву, где, с июля 1943 года, Н. А. Бернштейн становится профессором кафедры физиологии Государственного центрального ордена Ленина института физкультуры (ГЦОЛИФК), а с сентября 1943 – профессором Института психологии Академии педагогических наук. С июля 1944 года также начинает заведовать лабораторией физиологии движений Центрального научно-исследовательского института физкультуры (ЦНИИФК[11]). С 1943 по 1947 год Николай Александрович состоит научным консультантом, а с февраля 1948 по март 1949 года заведует отделением физиологии и патофизиологии движений в Московском научно-исследовательском институте протезирования Министерства социального обеспечения и читает курс психофизиологии движений на кафедре психологии МГУ.Весной 1945 года ЦНИИФК и Институт неврологии выдвигают Николая Александровича кандидатом в члены-корреспонденты Академии медицинских наук СССР, куда его избирают в октябре 1946 года. Дирекция ЦНИИФК, представляя 5 мая 1945 года Бернштейна к званию члена-корреспондента Академии медицинских наук СССР, пишет: «Профессор Н. А. Бернштейн по праву считается создателем нового, советского периода в истории учения о движениях человеческого тела. Ни по совершенству техники исследования, ни по точности анализа механической стороны движения, ни по глубине проникновения в его физиологическую сущность в мировой литературе не встречалось и не встречается работ, стоящих на уровне исследований профессора Н. А. Бернштейна». Экспериментальный материал, накопленный к этому времени Бернштейном, становится основой его представлений об иерархическом многоуровневом управлении движениями человека со стороны центральной нервной системы, которые он излагает в монографии «О построении движений», опубликованной в 1947 году, за которую в мае 1948 года ему присуждают Сталинскую премию второй степени по биологическим наукам[12]
.