В январе 1918 года Яков Исидорович получил письмо, на конверте которого стоял фиолетовый штамп: «Народный комиссариат по просвещению РСФСР». Это было приглашение, подписанное Надеждой Константиновной Крупской, прибыть в Москву для переговоров о работе в Наркомпросе. Прочитав письмо, Перельман нисколько не удивился, принял его как нечто вполне должное и закономерное. Он уже знал, что такие же приглашения по лучили другие популяризаторы науки и педагоги - Н. А. Морозов, А. П. Киселев, В. Н. Верховский, П. Н. Рыбкин, Е. И. Игнатьев, А. А. Чикин.
Так в феврале 1918 года Перельман стал инспектором отдела Единой трудовой школы Наркомпроса РСФСР. Под руководством Н. К. Крупской он разрабатывал новые учебные пособия и программы по курсам физики и математики. Именно тогда у Перельмана зародилась мысль об основании первого советского научно-популярного журнала. Ведь к тому времени все старые дореволюционные издания подобного рода прекратили свое существование; надо было не только заполнить образовавшуюся брешь, но, главное, дать новому массовому читателю доступное издание, популярно; с марксистско-ленинских позиций излагающее основы наук. Такой журнал, верил Яков Исидорович, станет серьезным подспорьем и для учителей новой, нарождающейся советской школы. Идея Перельмана встретила поддержку со стороны Н.К. Крупской. И весной 1919 года возник первый в РСФСР научно-популярный журнал «В мастерской природы».
В день пятилетия журнала (в 1923 году) в сообщении л редакции» говорилось: «Журнал наш зародился в недрах Народного Комиссариата по просвещению, в Москве… Для осуществления этой мысли были Комиссариатом приглашены Я.И. Перельман и другие лица… 18 ноября 1918 года программа была утверждена, название предложенное Я.И. Перельманом, было принято и издание получило свое бытие. Редакционный комитет был первоначально утвержден в таком составе: Н.К. Крупская, Я.И. Перельман, А.А. Чикин…» [23]
] Задача журнала была определена следующим образом; «Воспитывать дух любознательности, возбудить интерес к активному изучению природы, руководить научной самодеятельностью читателей в области естествознания, наполнять их досуг полезными занятиями и образовательными увлечениями».Редакция журнала находилась в Петрограде, на Пантелеймоновской улице (ныне ул. Пестеля), дом № 27.
В связи с острой нехваткой бумаги и разрухой в типографском деле первый номер журнала увидел свет только весной 1919 года. Его издателем (до 1922 года) был отдел Единой трудовой школы Наркомпроса РСФСР.
Стремясь по возможности приблизить содержание журнала к разрабатывавшимся новым школьным программам, редакционная коллегия создала несколько постоянных отделов: астрономии и метеорологии, математики и физики, ботаники и зоологии, химии и технических наук. К сотрудничеству в журнале были привлечены крупные ученые и популяризаторы, писатели, педагоги: К.Э. Циолковский, Н.А. Морозов, А.А. Михайлов, К.Л. Баев, А.Е. Ферсман, В.Н. Верховский, Н.А. Рынин, П.Н. Рыбкин, М.Ю. Пиотровский, К.Е. Вейгелин и другие. Можно с полным правом сказать, что журнал «В мастерской природы» стал не только первым советским научно-популярным, но и природоохранитеным журналом. Его тематический диапазон был весьма широким: море и морские глубины; лес и его разумное использование; строительная техника; машинная и электрическая техника; очень большой круг естественнонаучных и физико-математических вопросов. Не чурался журнал повседневной злободневной тематики. На его страницах мы найдем немало полезных советов: например, относительно разведения огородов в городских условиях, о рациональном сжигании дров в печах, о стирке без мыла (все эти проблемы имели немаловажное значение для суровых дней Петрограда девятнадцатого года).
Несмотря на большие трудности, связанные с выпуском журнала, Перельман находил время и для литературной работы. Так, в первом номере был опубликован его очерк «Живой планетарий» (уж не с его ли легкой руки «пошло в люди» такое название?). В очерке рекомендовался такой опыт с участием школьников. «В просторном помещении - обширном зале или на открытом воздухе - можно наглядно «разыграть в лицах» совместное движение Земли и Луны вокруг Солнца. Для этого один из товарищей, изображающий Солнце, помещается в центр зала, а на некотором расстоянии становится другой, представляющий Землю, который и обходит медленным шагом кругом Солнца, в то время, как третий товарищ - в роли Луны - кружится вокруг этой живой «Земли» такой скоростью, чтобы успеть сделать около 12 полны оборотов, пока Земля замкнет один крут. При этом станет до очевидности ясно, что путь Луны в пространстве представляет собой волнистую линию. Для большей наглядности можно натереть мелом подошвы товарища изображающего Луну,— тогда следы его ног непосредственно начертят лунный путь».
За время существования журнала «В мастерской природы» (1919—1929) вышло 58 номеров, в- которых был опубликовано более 150 заметок и статей Перельмаиа.
На педагогическом поприще