Хотя Пибоди оставался номинальным главой компании до 1864 г., в 1859 г. Джуниус Морган получил контроль над компанией George Peabody and Company. С ухудшением здоровья Пибоди впервые за двадцать один год отправился в отпуск в Европу. После начала Гражданской войны в США Морган торговал облигациями Союза, курс которых колебался в зависимости от исхода каждого сражения. После того как армия Союза была разбита при Булл-Ране, облигации упали, а затем резко возросли, когда войска Союза остановили наступление конфедератов у ручья Антиетам. Отправив телеграмму через Новую Шотландию, Пьерпонт предупредил своего отца о падении Виксбурга в июле 1863 г., и старший Морган успел получить прибыль от внезапного роста американских ценных бумаг. Подобные операции с бедствиями не считались кровожадными или предосудительными среди банкиров-купцов, а занимали почетное место в их мифологии. Как хвастался один из Ротшильдов: "Когда улицы Парижа залиты кровью, я покупаю".
Несмотря на свои симпатии к янки, Морган столкнулся с трудностями в финансировании Союза. После того как южные банки вывели свои вклады с Севера, Линкольн начал искать новые источники финансирования. Поскольку ланкаширские текстильные фабрики были тесно связаны с южными хлопковыми плантациями, город был не готов к любым крупномасштабным операциям для Севера. Для финансирования военного долга президент обратился к филадельфийскому банкиру Джею Куку, которого впоследствии прозвали финансовым П.Т. Барнумом: его агенты разошлись по всей Америке, чтобы продать военные облигации в рамках первой в истории страны массовой операции с ценными бумагами. Среди покупателей в Лондоне были Джордж Пибоди и Джуниус Морган. Однако Гражданская война стала единственным крупным военным конфликтом, в котором Морганам помешали политические обстоятельства: она стала удачей для немецко-еврейских банкиров с Уолл-стрит, которые привлекали кредиты у многочисленных сторонников Союза в Германии. В будущем политические импульсы Морганов идеально совпадут с выгодными возможностями.
В годы Гражданской войны с Джорджем Пибоди произошла метаморфоза: из Скруджа он превратился в Санта-Клауса. Он был типичным бессердечным банкиром, одномерным накопителем. По словам современника, "дядя Джордж, как называют его американцы. ...был одним из самых скучных людей на свете: у него не было, по сути, никакого дара, кроме дара делать деньги". Однако этот угрюмый человек вдруг стал расточительным в своих дарах; его филантропия была столь же неумеренной, как и его прежняя жадность. Ему было трудно отказаться от своих скупых привычек. "Нелегко расставаться с богатством, накопленным за годы упорного и трудного труда", - признавался он. Теперь же накопленное за всю жизнь богатство было выплеснуто в одной компенсационной попойке, очистив совесть янки. Возможно, в юности Пибоди слишком много работал для других, а в зрелом возрасте - для себя. Как бы то ни было, он не мог делать ничего наполовину и снова впал в крайность.
К 1857 г. он начал финансировать Институт Пибоди в Балтиморе. (В отличие от более поздних пожертвований Моргана, часто анонимных и незаметных, Пибоди хотел, чтобы его имя красовалось на каждой библиотеке, фонде или музее, которые он одаривал). В 1862 г. он начал перечислять 150 тыс. фунтов стерлингов в трастовый фонд для строительства жилья для лондонской бедноты. Эти поместья Пибоди с газовыми лампами и водопроводом стали бы значительным улучшением по сравнению со средневековыми богадельнями викторианского Лондона, и они до сих пор усеивают город. Для финансирования проекта он передал пакет акций компании Hudson's Bay Company в размере пяти тысяч акций. За этот революционный акт щедрости он стал первым американцем, получившим свободу Лондонского Сити. "От чистого и благодарного сердца, - заявил он на обеде в Мэншн-Хаусе, - я говорю, что этот день возместил мне заботы и тревоги пятидесяти лет коммерческой жизни". Открытость Пибоди стала настолько известной, что вскоре его стали осаждать тысячей просительных писем в месяц.