В последние годы жизни Пибоди масштабы его благотворительной деятельности стали ошеломляющими. Он основал музей естественной истории в Йельском университете, музей археологии и этнологии в Гарварде, а также образовательный фонд для эмансипированных южных негров. Для последнего он передал партию дефолтных облигаций Миссисипи и Флориды на сумму в $l млн. в надежде, что эти штаты когда-нибудь возобновят выплаты и обогатят фонд. Были и другие завещания на жилищные проекты, в итоге составившие 500 тыс. фунтов стерлингов. По мере того как Пибоди превращался в единоличное государство всеобщего благосостояния, его почитатели видели в этом бывшем бритоголовом человеке небесные достоинства. Виктор Гюго заметил: "На земле есть люди ненавидящие и люди любящие". Пибоди был одним из последних. Именно на лице этих людей мы видим улыбку Бога". Гладстон говорил, что он "научил людей, как пользоваться деньгами и как не быть их рабом". Королева Виктория пыталась наградить его баронетством или рыцарским званием, но Пибоди, словно чуждый мирским удовольствиям, отказался от этого. Вместо этого королева направила из Виндзорского замка подробную личную записку, в которой восхваляла "княжескую щедрость" Пибоди по отношению к лондонской бедноте и приложила миниатюрный портрет себя с бриллиантом "Кохинор" и знаком ордена Подвязки.
На протяжении всего этого апофеоза Пибоди не оказывал благотворительной помощи Джуниусу Моргану. В 1864 г. истек срок их десятилетнего соглашения, и Пибоди вышел на пенсию. В этот момент, согласно обещанию, которое Пибоди дал, чтобы заманить Моргана в Лондон, младший партнер должен был получить в пользование его имя и, возможно, его капитал. Вместо этого Пибоди решил вывести из концерна и свое имя, и свой капитал. Возможно, в своей новой святости он хотел стереть свое имя с финансовой карты и закрепить его в мире добрых дел. Но для Моргана, как позже писал его внук , "в то время самым горьким разочарованием в жизни стало то, что Пибоди отказался сохранить старое название фирмы". Джуниус с неохотой переименовал фирму в J. S. Morgan and Company (так она называлась до образования Morgan Grenfell в 1910 г.). Пибоди также вынудил Моргана выкупить на невыгодных условиях аренду офиса на Олд-Брод-стрит, 22. Дж. П. Морган-младший писал: "Мой дед всегда говорил, что мистер Пибоди был очень строг к нему в отношении цены аренды". Конечно, гнев Джуниуса Моргана на Пибоди был сглажен необычайной прибылью, которую они разделили - более 444 тыс. фунтов стерлингов, полученных за десять лет. К тому же он унаследовал главный американский банк в Лондоне.
Когда Пибоди умер в 1869 г. в возрасте семидесяти четырех лет, британское правительство вырыло для него могилу в Вестминстерском аббатстве, но его предсмертные слова "Дэнверс - Дэнверс, не забудь" лишили Лондон его останков. Принц Уэльский, впоследствии Эдуард VII, открыл статую Пибоди за Королевской биржей - редкая честь, учитывая дефицит места в Сити. Даже после смерти Пибоди удавалось поддерживать англо-американскую гармонию. Британцы только что построили грозный военный корабль "Монарх", размеры которого вызвали недоумение в Америке и пугали разговорами о том, что судно будет использовано для сбора дани с американских городов. Молодой Эндрю Карнеги направил анонимную телеграмму в британский кабинет министров: "Первая и самая лучшая служба, какая только возможна, tot Monarch, возвращающий домой тело Пибоди". Независимо от того, был ли это генезис идеи или нет, королева Виктория отправила труп Пибоди в Америку на борту корабля "Айронклад". На корабле была оборудована печальная похоронная капелла, где над гробом, затянутым черной тканью, горели высокие свечи. В Америке корабль был встречен эскадрой адмирала Фаррагута. Пирпонт Морган, отвечавший за организацию похорон, придумал торжественную церемонию, в которой за гробом финансиста маршировали британские и американские солдаты.
Прежде чем оставить Пибоди, отметим обмен мнениями о нем в доме Моргана в 1946 году. Томас В. Ламонт, председатель совета директоров J. P. Morgan and Company, попросил у лорда Бистера, старшего партнера Morgan Grenfell, фотостат письма королевы Виктории с благодарностью Пибоди за помощь лондонской бедноте. Через два года после смерти Пибоди Ламонт пребывал в ностальгическом настроении, а лорд Бистер с удовольствием шокировал ничего не подозревающих людей: