В 1841 году по инициативе заведующего кафедрой ботаники профессора И.О. Шиховского правление Санкт-Петербургского университета выделило средства на устройство при университетском здании Ботанического сада. К 1843 году в нем произрастали сорок девять видов древесных и кустарниковых растений. Коллекция пополнялась подарками частных лиц, например графа Ф.С. Уварова, и из Императорского Ботанического сада. Размещалась она к востоку от здания Двенадцати коллегий в так называемом «ботаническом палисаднике».
Второй этап формирования Ботанического сада был связан с деятельностью профессора А.Н. Бекетова, возглавлявшего кафедру ботаники. В 1866–1869 годах они вместе с профессором А.С. Фаминцыным организовали строительство отдельных флигелей для «ботанической аудитории и кабинетов» (архитектор И.И. Горностаев) и заложили Ботанический сад с новой учебной оранжереей. Коллекции растений создавались благодаря содействию выпускников и преподавателей университета: М.С. Воронина, Х.Я. Гоби, И.П. Бородина, К.А. Тимирязева, В.Л. Комарова и др. В 1901 году был заложен парк, насчитывающий до тысячи видов древесных и травянистых растений.
Постройки используются и сейчас. На двухэтажном здании кафедры установлена мемориальная доска, посвященная физиологу и биохимику растений С.П. Костычеву, работавшему здесь с 1916 по 1931 год.
Поблизости, у начала Биржевой линии, в 1898–1899 годах архитекторы И.И. Коковцев и Н.А. Виташевский построили комплекс Физического института – центральный корпус с крытым внутренним двором, жилой флигель и двухэтажный объем машинного отделения, впоследствии надстроенный. Для сложных опытов создавался зал во всю высоту здания. В строительную комиссию входили профессора И.И. Боргман, А.И. Воейков, С.П. Глазенап, Ф.Ф. Петрушевский, А.В. Советов.
Здание возвели в течение одного строительного сезона. Оно включало центральный корпус с внутренним двором, жилой флигель и двухэтажный объем машинного отделения. Для сложных опытов предназначался зал во всю высоту здания. Две большие комнаты отвели под физический музей.
Фасады здания в характере архитектуры раннего итальянского Ренессанса отвечали рациональной организации внутреннего пространства. В настоящее время здесь располагаются подразделения геологического и физического факультетов Санкт-Петербургского университета, Научно-исследовательского института физиологии имени А.А. Ухтомского.
Модернизация учебного процесса, расширение программы исследований коснулись и химических кафедр. Приобретение земли у Кадетского корпуса позволило создать для них новую учебную базу. Крупные ученые, профессора Н.А. Меншуткин и Д.П. Коновалов, организовали строительство. В 1893–1894 годах академик архитектуры А.Ф. Красовский возвел монументальное здание химической лаборатории.
Вскоре после открытия, состоявшегося 16 октября 1894 года, лабораторию осматривали члены Петербургского общества архитекторов, которые пришли к выводу о том, что здание выстроено с соблюдением всех многочисленных и крайне разнообразных требований и представляет крупный интерес как удачное решение редкой и трудной задачи.
Оно состояло из двух связанных воедино частей – учебной и жилой. Его функциональное решение и техническое оборудование были выполнены на высоком по тому времени уровне. По системе вентиляции, с подогревом горячей водой, здание не имело «себе подобных на Западе».
Здание химической лаборатории вошло в историю выдающихся научно-технических открытий. Отсюда 24 (12) марта 1896 года была отправлена первая в мире радиограмма на приборе, изобретенном А.С. Поповым. Принималась радиограмма в помещении физического кабинета (бывшем «корпусе для игры в мяч», ныне здание кафедры физического воспитания Санкт-Петербургского университета). Прежде здесь существовала мемориальная доска. Сейчас здание занимают подразделения химического факультета и Менделеевский центр.
В 1900 году университетский архитектор В.В. Эвальд построил жилой флигель для персонала лаборатории.
В химической лаборатории работали выдающийся ученый в области физической химии и радиохимии академик Б.П. Никольский, а в 1894–1945 годах – химик А.Е. Фаворский.
На месте дома № 11/1, относившегося к Меншиковской усадьбе, в 1710–1714 годах возвели двухэтажный, на подвалах, дом управляющего усадьбой князя А.Д. Меншикова Ф. Соловьева – одного из трех братьев Соловьевых, игравших в первые два десятилетия XVIII века значительную роль в развитии торговых связей России и стран Западной Европы. В 1719 году все имущество братьев Соловьевых было отобрано в казну. В 1721 году Петр I приказал освободить Соловьевых, но дом бывшему владельцу возвращен не был. Подвалы бывших соловьевских палат сохранили низкие массивные цилиндрические и сомкнутые своды.