Здесь, на царском дворе, вспыхнули кровли на палатах и деревянные избы государя. Потом занялись и каменные палаты, украшенные золотом; сгорели также Казенный двор с царской казной, Оружничья палата с воинским оружием, Постельная палата, царская конюшня и даже в погребах под палатами выгорело все, что только было в них деревянного. Не устояла и церковь Благовещения Златоверхая. В ней погибли невозвратно Деисис письма знаменитого иконописца Андрея Рублева, обложенный золотом, и все иконы греческого письма древних великих князей, собранные от многих лет и украшенные также золотом и бисером многоценным, т. е. дорогими каменьями. Летописец снова замечает, что «таков пожар не бывал на Москве, как она стала именоватися великими князьями, славна и честна быти по государству их». Опустошив весь Кремль, пожар перешел и в другие части города и свирепствовал с такою силою, что, по выражению летописца, «железо яко олово разливашеся и мед яко вода растаяваше».
Государь выехал в село Воробьеве и жил там все время, пока в Кремле ставили для него новые деревянные хоромы и возобновляли распавшиеся от огня палаты. Для украшения Благовещенского собора иконами и царских палат стенописанием собраны были из Новгорода, Пскова и других городов иконописцы, которые и восстановили прежнее благолепие царского дворца.
Возобновив дворец, царь увеличил его впоследствии новой пристройкой. В 1560 г. он велел устроить для своих детей «особный двор и хоромы позади Большой Набережной полаты, на
Летописец говорит, что «в Грановитой, и в Проходной, и в Набережной, и в иных полатах прутье железное толстое, что кладено крепости для, на связки, перегорело и переломалось от жару». За остальные годы царствования Ивана Васильевича Грозного о дворце имеем мало сведений. Из известий уже XVII ст. узнаем только, что его хоромы стояли позади Средней Золотой палаты и состояли из, как мы упоминали, «передние сени, переднюю и две комнаты».
При царе Федоре Ивановиче65, судя по отзывам иностранных путешественников, дворец был в цветущем состоянии; все приемные палаты в это время были великолепно украшены стенописью. При царе Федоре построена, вероятно, и приемная Золотая палата для его супруги, царицы Ирины66, отчего эта палата и называлась Палатой царицы Ирины, Золотой Царицыной палатой и Меньшей Золотой, в отличие от Большой Грановитой и Средней Золотой. Прежде она именовалась просто Наугольной от Пречистой, т. е. со стороны Успенского собора.
Царь Борис Федорович Годунов, во время голода, бывшего в 1601 и 1602 гг., повелел, «чтобы людей питатися», воздвигнуть большие каменные палаты на взрубе67, «где были царя Ивана хоромы», построенные им для детей. Это было здание Запасного двора, фасад которого опускался по взрубу под гору и над которым в XVII ст. находим уже Набережный Красный сад. Здесь же, кажется, были и деревянные жилые хоромы царя Бориса, сломанные по повелению Самозванца.
При Самозванце больших перемен в составе дворца не могло произойти, потому что он мало времени пробыл в царских палатах. Известно только, что он выстроил для себя новые хоромы, вероятно, на месте Годуновских, весьма красивые, по свидетельству современников, в польском вкусе; они находились возле Сретенского собора, наверху упомянутого здания Запасного двора, и лицом обращены были к Москве-реке. О постройке этих хором современник и очевидец их Исаак Масса рассказывает следующее: