К сооружению каменного дворца приступили не прежде как через шесть лет после описанного пожара. В1499 г. великий князь на старом месте снова заложил «двор свой камен, полаты каменныя и кирпичныя, а под ними погреби и ледники, да и стену каменную от двора до Боровицких ворот». Постройка была поручена новому итальянскому зодчему, «Фрязину Алевизу, от града Медиолама». Но великий князь не дождался окончания возведения этих палат: в 1505 г. он умер. Дворец был готов через три года после его смерти, и в мае 1508 г. его сын Василий57 переехал жить в эти новые хоромы. Достойный преемник всех начинаний своего отца, особенно в отношении новых построек, великий князь Василий Иванович, довершив неоконченный дворец, великолепно украсил его вместе с церковью Благовещения-на-Сенях, которую
Сверх того, он воздвиг на старых местах две новые каменные церкви: одну, в 1514 г.,– во имя Рождества Богородицы-на-Сенях, с приделом св. Лазаря, и другую, в 1527 г., во имя Спасова Преображения, на дворце, т. е. посреди своего двора, также с приделами. В 1516 г. великий князь, распространяя хозяйственные постройки, выкопал по течению Неглинной, за Боровицкими воротами, пруды и поставил каменную мельницу.
Расположение каменного дворца весьма трудно определить с достаточной точностью. Больше всего в этом отношении интересна дополнительная статья к свадебному разряду великого князя Василия, бывшему в 1526 г., то есть восемнадцать лет спустя после постройки дворца58. Согласно этому акту, первоначальный каменный дворец начала XVI века, несмотря на пожары и беспрестанные перестройки и переделки, в основных чертах своих нисколько не изменился в течение двух с половиною веков и, покинутый царями в начале XVIII столетия, устоял, хотя и в развалинах, до времен императрицы Елизаветы Петровны и даже до начала XIX столетия.
Передний фасад дворцовых зданий или, вернее сказать, лицо дворца, обращено было на площадь, между Благовещенским, Архангельским и Успенским соборами и церковью Иоанна Лествичника, что под Колоколы, на месте которой в XVII веке воздвигнут «Иван Великий». На эту площадь выходили две дворцовые палаты – Большая, стоявшая на самой площади, ныне Грановитая, и Средняя, находившаяся между Большою и Благовещенским собором, к западу от них, на дворце, или на дворе великокняжеском. Перед Среднею палатою было Красное, иначе Верхнее, крыльцо, или Передние переходы, на которые с площади вели три лестницы: одна была, как и теперь, у стены Большой, или Грановитой, палаты,– это та, которую теперь неправильно называют Паевым крыльцом; другая – Средняя лестница, теперь не существующая; третья – Благовещенская паперть. Между лестницею подле Грановитой палаты и Среднею были ворота, которые вели из дворца, т. е. из внутреннего двора, на площадь. Средняя лестница прямо, через крыльцо, вела в сени Средней палаты, которая почти с этого же времени (1517) называется Среднею Золотою и просто Золотою, потому что была расписана внутри золотом. Из этих же сеней двери вели в Столовую избу, которая стояла позади Средней палаты, напротив алтарей церкви Спаса-на-Бору. Подле Столовой избы была лестница вниз, на двор, к Спасу; крыльцо перед этой избою, служившее продолжением Передних переходов, соединяло ее с Набережной палатой, стоявшей напротив западных дверей Благовещенского собора. Далее к западу от этой палаты по линии Кремлевской горы, к Москве-реке, стояли чердаки, или терема.