Пожалуй, не повезло П. Т. Куприну только с некоторыми подчинёнными. После ареста бывшего начальника управления Хорхорина репрессиям подверглись и трое его ближайших подручных – замначальника УНКВД Крылов, начальники ведущих отделов Врачёв и Каменев. После ареста Крылова Москва навязала Куприну в заместители П. Н. Куцерубова, состоявшего в резерве кадров на выдвижение. Он в этот период являлся начальником горотдела НКВД г. Сковородино (район входил в состав Читинской области). Вот как в ноябре 1939 г. его характеризовали арестованные: «
Менее года руководил читинским УНКВД и П. Т. Куприн. В ноябре 1939 г. его срочно переводят в Хабаровск, где уже больше года шла тщательная чистка чекистских кадров после серьёзнейшего ЧП: в июне 1938 г., опасаясь репрессий, за кордон, в Маньчжоу-Го, сбежал начальник УНКВД Дальневосточного края комиссар госбезопасности 3-го ранга Г. С. Люшков (
Старший майор ГБ (с 2 декабря 1939 г.) Куприн руководит УНКВД по Хабаровскому краю до февраля 1941 г., затем получает назначение начальником УНКВД по Ленинграду и Ленинградской области (назначение лично санкционировал И. В. Сталин, высоко ценивший Куприна, которого в марте 1938 г. даже избирали делегатом XVIII съезда ВКП(б) с правом решающего голоса). Чуть позже, 19 июля 1941 г., ему присвоено генеральское звание – комиссара госбезопасности 3-го ранга (соответствовало армейскому званию генерал-лейтенанта). Затем, 31 июля 1941 г., Куприна назначают начальником Особого отдела НКВД Ленинградского фронта, в 1942 г. переводят на должность начальника Особого отдела Московского военного округа, затем – начальника 3-го Управления (контрразведка на территории СССР) ГУГБ НКВД СССР.
В ноябре 1942 г. координировал действия НКВД Карело-Финской АССР, УНКВД по Архангельской и Вологодской областям и Особого отдела НКВД Волховского и Карельского фронтов по ликвидации немецких диверсионно-разведывательных групп. Возвращаясь 11 ноября 1942 г. из служебной командировки в город Тихвин, комиссар госбезопасности 3-го ранга П. Т. Куприн погиб: самолёт, на котором он летел, был атакован над Ладожским озером двумя истребителями противника, подбит и упал в воду в районе посёлка Морье в 300 метрах от берега.
П. Т. Куприн награждён орденом Красного Знамени (26.04.1940) и нагрудным знаком «Заслуженный работник НКВД» (02.02.1942). Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.
[32]