IV Крестовый поход за освобождение Палестины от мусульман путем захвата Египта как плацдарма для дальнейших шествий был вдохновлен Иннокентием и несколькими французскими священниками. В основном это был французский Крестовый поход при руководстве папы. Когда появилась нужда в кораблях для переброски крестоносцев к месту действий, венецианский дож согласился предоставить средства передвижения и провиант за большую сумму денег. Крестоносцы прибыли в Венецию, но имели при себе недостаточно денег, тогда венецианцы попросили их отвоевать обратно Зару, которая когда-то принадлежала Венеции, у христианского короля Венгрии. После захвата Зары крестоносцы вместо Александрии отплыли в Константинополь и после осады захватили город в 1204 году. В Константинополе образовалась Латинская империя, которая просуществовала до 1261 года. Хотя Иннокентий официально не санкционировал отклонение крестоносцев от намеченного маршрута и их действий против христиан в Заре и в Константинополе, он принял достигнутые результаты, ведь тем самым Византия входила под его контроль, а Константинополь мог послужить основой для V Крестового похода, который планировался против мусульман. Византийская империя, как и правители на Западе, начали подчиняться его власти. Он выступал в качестве ведущего деятеля средневековой Европы.
Иннокентий также организовал Крестовый поход под руководством Симона де Монфора против альбигойцев на юге Франции в 1208 году. Альбигойцы были членами еретической секты, известной под названием «катары». Крестовый поход продолжился в 1209 году и фактически привел к уничтожению катаров на юге Франции после многих кровавых сражений. Этот подход получил сильную поддержку со стороны доминиканского и францисканского орденов. Еретики, равно как светские правители, должны были подчиниться верховному главе Римской церкви.
Избавившись силой от ереси, Иннокентий попытался дать позитивное утверждение истины. Для этого он созвал общий собор в Риме. Этот собор, известный как IV Латеранский, обязал всех мирян ежегодно исповедоваться священнику и указал, что все христиане должны присутствовать на мессе хотя бы на Пасху. Еще более важной была декларация догмата о пресуществлении, который с того времени должны были принять все члены Римской церкви в качестве истинного учения. Догмат провозглашал, что вещество хлеба и вина становится истинным телом и кровью Христа после освящения священником. Хлеб и вино продолжают по-прежнему воздействовать на чувства человека, сохраняя свой вкус, но в веществе происходят метафизические изменения, так что хлеб и вино становятся соответственно телом и кровью Христа. То есть священник приносит их в жертву каждый раз, когда совершает обедню. Понятно, что люди средневековья боялись духовенства, которое имело власть лишать человека возможности участвовать в этих жизненно важных таинствах.
3. Упадок папской власти при Бонифации VIII
Понтификат Иннокентия III знаменовал пик папской власти в Европе. После смерти Иннокентия в 1216 году в народе распространились слухи о непотизме, многие столкнулись с проблемой симонии, пьянства у духовенства и его отказа от наставления своих мирян. Правители таких государств, как Англия и Франция, еще более были склонны спорить с папством, поскольку они обладали национальной армией и процветающим средним классом, с помощью которого кормились папы. Унижение Священной Римской империи при Иннокентии III практически лишило папу опоры в борьбе с французским королем.
Если понтификат Иннокентия III был зенитом папской власти в средние века, то понтификат Бонифация VIII (1294–1303) можно назвать бездной ее падения. Светская власть неоднократно унижала Бонифация. Самая острая борьба разгорелась между Бонифацием и французским королем Филиппом Красивым. Чтобы оплатить расходы на войну между своими государствами, Филиппа во Франции и Эдварда I в Англии обложило налогом духовенство. В 1296 году Бонифаций издал буллу под названием «Clericis Laicos», которая запрещала священнику платить налоги светскому правителю без папского разрешения. Эдвард в ответ на этот вызов поставил вне закона духовенство и убедил парламент принять акт, запрещавший духовенству признавать папские претензии на светскую власть в Англии. Филипп же запретил вывоз денег из Франции в Италию, таким образом лишив папство французской статьи доходов.