Несколько раньше этих событий возобновились его активные отношения с кинематографом. В конце 80-х на экраны вышли сразу несколько фильмов, в которых Филатов сыграл центральные роли. Среди них: «Чичерин» (1986), «Забытая мелодия для флейты» (1987), «Загон», «Город Зеро», «Шаг» (все — 1988).
Небывалый успех сопутствовал Леониду и на поэтическом поприще. В 1986 году свет увидела его знаменитая сказка для театра «Про Федота-стрельца, удалого молодца». Эту сказку тут же бросились ставить многие российские театры, а телевидение упросило Филатова сделать экранизацию.
В конце 80-х Л. Филатову присвоили звание заслуженного артиста РСФСР.
В 1990 году состоялся режиссерский дебют Л. Филатова в кино — он снял фильм «Сукины дети».
Между тем начало 90-х подвело окончательную черту под мифом о некогда монолитном Театре на Таганке. А началось все с того, что Любимов решил существенно обновить труппу театра и избавиться от «балласта». Часть труппы, естественно, испугалась такого поворота событий и создала оппозицию, которую возглавил Николай Губенко. Конфликт между двумя группировками стал стремительно нарастать, и дело вскоре дошло до откровенной неприязни: в конце января 1992 года Любимов приказал работникам театра не пускать в театр Губенко для участия в спектакле «Владимир Высоцкий».
Рассказывает Л. Филатов: «Конфликт Губенко и Любимова был не социальный, а личный: Любимов не пустил его на спектакль, это серьезное оскорбление. И одновременно за спиной актеров начал решать, с кем он заключает контракт, а с кем нет. Вот тогда люди стали примыкать к Губенко, ставить на него: «Коля, спасай!» Он почувствовал свою ответственность и пошел до конца. Мне показалось, что в этой ситуации надо быть с ним, невзирая на то, что в глазах большинства мы оказались врагами мэтра и чуть ли не предателями. История рассудила так, что победа осталась за Любимовым. Но я бы сегодня поступил так же. Даже несмотря на мой уход от Эфроса и последующее возвращение «под Любимова».
В последующие несколько лет Л. Филатов пережил столько драматических событий, сколько ему не приходилось пережить за все предыдущие годы. Сюда вместились и конфликт с Любимовым, и гневная переписка с В. Золотухиным, ходившая в Москве по рукам, и уход в «Содружество актеров Таганки» вместе с прокоммунистически настроенным Губенко, и неоконченная авторская картина «Свобода или смерть», и статья в «Правде», где Филатов сообщил, что нынешняя власть ему противна, и съемки на телевидении передачи «Чтобы помнили». По словам Л. Филатова: «Я был очень злой. Может, это не выражалось ясно, но сейчас понимаю, что был. В молодости это как бы еще оправдываемо. Но я был такой же противный в возрасте, когда уже нельзя, когда люди успокаиваются. Я был зол на весь мир и брезглив. Была целая серия интервью в газетах, пока я их не прекратил. Такая пора, когда я всех отторгал, всех обвинял. На каком-то этапе понял, что это смешно. Я делал такую стихотворную сказку по Гоцци, и там у меня принц, который болен ипохондрией. И он говорит про себя: «Я круглый идиот, я принц Тарталья, безумные глаза таращу вдаль я. В моей башке случился перекос: я ем мышей, лягушек и стрекоз, свободный от морали и закона, я принародно писаю с балкона». И так далее. «Какой болезнью я ни одержим, повинен в ней сегодняшний режим». Это немножко автобиографично, я вдруг понял. Все плохо, все плохие, мир поменялся. А это не совсем так. Вот, я думаю, и наказание пришло…»
Под наказанием Л. Филатов имел в виду то, что случилось с ним в октябре 1993 года — у него произошел инсульт. Причем случился он в тот самый день, когда по Белому дому стреляли танки. Когда с нашим героем случилась эта беда, многие стали искать в ней и некие мистические корни. Мол, актер задумал снимать передачу «Чтобы помнили» об умерших коллегах по сценическому ремеслу (первый выпуск появился летом того же рокового года), вот и понес наказание за свое пристрастие к могилам. Сам Л. Филатов прокомментировал эти разговоры следующим образом: «Я напугался, не скрою. Потому что один человек сказал, что у Ницше якобы есть фраза: «Когда долго вглядываешься в пропасть, пропасть начинает вглядываться в тебя». Наверное, какой-то смысл в этом есть. Но с другой стороны, я уже не могу остановиться и перестать делать эту передачу. Какие-то долги возникают…»
Однако вернемся в октябрь 93-го. Рассказывает Л. Филатов: «Врачи определили природу инсульта — почечная недостаточность. Все блокировалось, шлаки не выходили. Интоксикация всего организма. Попал в Институт трансплантологии искусственных органов. Когда первый раз оказался в реанимации, был в ужасе. А уж когда второй, третий, четвертый — пообвыкся.
Однажды фиксировали, что я умираю. Было ощущение невероятной легкости. Ни плаксивости, ничего не жаль…