Ему было уже 52 года, он боялся не успеть и, возможно, поэтому спешил в реализации своих планов. Процедуру коронации новый монарх желал пройти как можно скорее и был коронован в Вестминстерском аббатстве 23 апреля 1685 года. В большинстве состоящий из тори парламент, собравшийся в мае того же года, получил название «лояльного парламента», и Яков даже бросил фразу, что он простил бы многих бывших оппозиционеров-«эксклюзионистов» (так называли тех, кто выступали за билль «Об исключении…»), если бы те согласились с его правлением. И действительно, создавая опору своей власти, он доверил ряд государственных постов вигам, среди которых был юрист Уильям Уильямс, бывший главный советник графа Шефтсбери и одно из главных действующих лиц в парламенте 1680 года. Главным проводником его политики в Англии стал Роберт Спенсер, граф Сандерленд, бывший эксклюзионист, лишенный поста государственного секретаря в 1681 году. Он вновь занял его при Якове и, более того, был назначен лорд-президентом Тайного совета вместо лорда Галифакса. Впрочем, последний продолжал оставаться одним из главных лиц в совете. Получил повышение граф Рочестер, под контроль которого была передана казна.
Парламент предоставил Якову значительное содержание, сохранив его предыдущие доходы. С учетом возросших прибылей от торговли они составили 2 млн. фунтов в год. Король исполнял свои обязанности добросовестно и, по-видимому, старался действовать конституционными методами, не будучи вместе с тем склонен к компромиссам. Пожалуй, в этом смысле он был даже тверже отца.
Казалось бы, все шло хорошо. Но очень скоро против Якова II были подняты два восстания — в Шотландии, возглавляемое Арчибальдом Кемпбеллом, графом Аргайлом, и на юге Англии под руководством герцога Монмута. И Аргайл, и Монмут начали свои экспедиции из Нидерландов, но приютивший их Вильгельм Оранский предпочел сохранить нейтралитет. Статхаудер, хорошо осведомленный о ситуации на Альбионе, лелеял свои планы. Некоторые историки считают, что Вильгельм задумал в случае успеха восстаний Аргайла или Монмута высадиться в Англии и подавить их выступления. Дело в том, что в случае полной победы Монмута он и его жена Мария уже не имели бы шансов на английский престол, а если бы Монмут сразу потерпел поражение, было бы просто устранено одно из препятствий между Вильгельмом и английским троном. Но вот если бы Монмуту начала сопутствовать удача, король вынужден был бы обратиться к своему зятю за помощью, и таким образом влияние статхаудера в политических кругах Британии неизмеримо возросло бы. Так и получилось. Когда Яков попросил его прислать три шотландских полка, находившихся на службе в Соединенных Провинциях, Вильгельм с радостью откликнулся.
Англичан и шотландцев, эмигрировавших в Голландию, смерть короля Карла застала врасплох. У них не было единого плана действий, они были выходцами из разных слоев и преследовали различные цели. Оппозиция была очень неоднородной. Католицизмом Якова Стюарта и его явным стремлением укрепить свою власть были недовольны шотландские республиканцы, шотландцы из окружения графа Аргайла и вигские сторонники самого Монмута. Аргайл, выходец из Хайленда (горной Шотландии) и наиболее знатный из шотландцев, смотрел сверху вниз на лордов Лоуленда (равнинной Шотландии) — Хьюма Поверта и Флетчера Салтона. Все вместе шотландцы подозрительно относились к лозунгам и борьбе за веру английских политических диссидентов, таких, как Генри Уилдмен, предлагавший поднять восстание в Лондоне. Аргайл понимал, что Монмут, чьи претензии на трон он отказывался признать, не будет сопровождать его в Шотландию. Тем не менее в Утрехте и Роттердаме между всеми недовольными новым правлением состоялись переговоры, на которых обсуждался вопрос об одновременных восстаниях в Англии, Ирландии и Шотландии.
Вообще-то Яков прекрасно понимал, какую роль могут сыграть старший сын его брата и английские эмигранты на континенте. Еще в феврале 1685 года он приказал мэрам портовых городов Бристоля, Чичестера, Эксетера и Дортмута проверять корабли и опрашивать всех пассажиров, прибывших из-за моря. Вскоре выяснилось, что такое рвение было излишним, поскольку эмигрантская оппозиция в Голландии почти не подавала признаков жизни. Однако внутри королевства росло возбуждение, ползли слухи об убийстве Карла II папистами. В кофейнях и просто на улицах все чаще стали говорить о правах на трон герцога Монмута, исповедовавшего истинную протестантскую религию. Впрочем, ближе к лету Яков почувствовал себя увереннее — прошли выборы в парламент, и его состав не вызывал у него подозрений.