Но Натана берут сомнения. Он поражен необычайный сходством храмовника с рыцарем, некогда доверившим ему перед боем свою дочь — его Рэху — и потом бесследно исчезнувшим. Но сыном ли доводится тому рыцарю храмовник, не брат ли он Рэхе? Вот почему он не сразу даст согласие на этот брак, просит храмовника повременить до выяснения некоторых обстоятельств.
Нетерпеливый, страстный юноша подозревает Натана в нежелании породниться с христианином. А когда он узнает от наперсницы Рэхи, ревностной христианки Дайи, что Рэха не дочь Натана, что они христианка, он, ослепленный гневом и негодованием, обращается за советом к иерусалимскому патриарху. Не называя имели Натана, храмовник спрашивает его, как следует поступить с евреем, осмелившимся воспитать христианского ребенка, как родную дочь. И патриарх, религиозный изувер и человеконенавистник, ему возвещает, что иудей, совершивший столь тяжкое преступление, «должен быть казнен».
Этот жестокий приговор отрезвляет храмовника, он хочет договориться с Натаном. Но следствие уже началось и приводит к неожиданному результату. Патриарх поручил выявить преступника праведному брату Бонафидосу, бывшему стремянному рыцаря, чью дочь он некогда вручил Натану. Благодаря ему, Натану достоверно удалось установить, что Рэха н храмовник — дети любимого брата Саладина, Ассада. Он некогда полюбил немецкую девушку, принял христианство и пал в бою со своими бывшими единоверцами. Но Натан не хочет посвятить в эту тайну храмовника раньше, чем откроет ее Саладину, которого по нраву считает своим другом и покровителем.
Саладин, по наущению сестры, хотел пополнить свою оскудевшую казну богатствами Натана, однако только в том случае, если этот мудрец на деле окажется всего лишь трусливым стяжателем. Чтобы испытать Натана, султан задает ому опасный вопрос, какая из трех религий — иудейство, мусульманство или христианство — является истинной. Натан отвечает Саладину знаменитой притчей о трех кольцах. Жил человек, обладавший чудодейственным перстнем. «Кто с верою носил его, всегда угоден был н господу и людям». И было у него три сына, которых он любил и равной мере, и потому заказал еще два кольца, таких же по виду, как то, заветное, и всем трем сыновьям, умирая, вручил по кольцу. И каждый из сыновей считал, что его кольцо чудодейственное, а братья его — обманщики. После долгих взаимных обвинений братья обратились к мудрому судье. И тот им подал благой совет: пусть каждый считает свое кольцо заветным и старается приумножить его волшебные свойства.
А когда пройдут тысячелетия, пусть они снова предстанут перед и высшим судией, и тот по их делам решит, чей перстень чудодействен. Не «кольца» (то есть, не исторически сложившиеся религии) определяют достоинства людей и народов, а добрые дела, содействующие созиданию гармонического общества будущею. Пристыженный мудростью Натана, Саладин предлагает ему свою дружбу,
В финальной сцене драмы Натан открывает Саладину тайну рождения Рэхи и храмовника. Они брат и сестра, дети его безвестно пропавшего брата. Доброта и пытливая мудрость Натана осуществила эту всеобщую радость. «При молчаливых взаимных объятиях занавес опускается».
«Натан Мудрый» — предсмертное завещание великого немецкого просветители и гуманиста. Это Лессинг сознавал и сам. Он явственно чувствовал, что его здоровье быстро разрушается, и порою ему казалось, что от болезней разрушаются и духовные его силы. Но воля к борьбе с церковным и политическим гнетом, но верность своей миссии — возрождению немецкого народа — поддерживали его слабеющие силы и заставляли Лессинга все с большей отчетливостью высказывать то, что он еще не успел сказать.
Естественно, что Лессинг в уста своих любимых героев — Саладина, храмовника, Рэхи, но прежде всего Натана — вливал свои заветные мысли, что его герои подчас становились «рупорами идей» мировоззрения поэта-просветителя.
И все же Лессингу удалось создать колоссальный образ великодушного мудреца, чей стойкий и ясный дух несгибаемо высится над религиозными распрями и взаимной ненавистью народов. Ничто не в силах затмить его неподкупный разум, ожесточить его сердце. Вопреки неприглядной действительности, Натан твердо верит в добрые задатки, заложенные в человека, и в силу вразумляющего слова, способного пробуждать в человеке начала добра, любви и справедливости.