В отдельных случаях трудно понять, использовалось ли лекарство из-за его эмпирически проверенного воздействия или на основе магическо-религиозных соответствий. Это верно даже для лекарств, однозначно обладавших лечебными свойствами. Так, считалось, что мед может защищать от демонов. Малахит (зеленая краска для глаз) также имел магическо-религиозную функцию, и даже сама вода, использовавшаяся в основном как субстанция-носитель при приготовлении лекарств, могла иметь магическое целебное воздействие. Например, ее возливали над отвращающими беду рисунками на стелах Хора, при этом рецитировались заклинания. Границы между эмпирическим знанием и верой в магическое исцеление были нечеткими. К тому же и использование эмпирических лекарств благодаря прочтению магических формул не было полностью свободно от магии, а во многих рецептах эмпирические лекарства дополнялись магическими компонентами. Например, при нанесении лечебного средства на больную часть тела следовало говорить: «Я вышел из Гелиополя вместе с великими великого дома, господами защиты, господами вечности. И я также вышел из Саиса вместе с матерью богов. Они дали мне свою защиту, я тот, о котором бог желает, чтобы он остался живым» (рЕЬ 1(1,1-11)=(IV 308; V 530). При лечении раны от укуса применялась следующая терапевтическая процедура: «Смола теребинфа, охра, желчь козы; сделать единой массой, дать на рану» (рЕЬ 432 (64,5–7)=(IV 210; V 365). Основу этой терапевтической рекомендации составляли смола, убивающая семена и зародыши, и козья желчь, обладавшая таинственным магическим воздействием. В качестве дальнейшего примера взаимного проникновения магии и эмпирики можно назвать терапевтическое воздействие при ожогах. Определяющей была магическая формула из Лондонского папируса: «Хор был ребенком внутри гнезда. Огонь упал на его тело, он не знал его, он не знал его. Он был маленьким, огонь был сильным. Не было никого, кто бы спасся перед ним (огнем). Тут пришла Исида и сказала: «Пошли со мной, моя сестра Нефтида, чтобы я могла потушить огонь своим молоком, здоровой водой, находящейся посреди моей груди…будет дано на твое тело, здоровыми сделаются твои сосуды. Я причиню то, что отклонится огонь, охвативший тебя»». Эту формулу следовало говорить при применении следующего средства: «Колючая акация, пирог из ячменя, бобовые плоды вареные, колокинта вареная; сделать одной массой, смешать с молоком матери, родившей ребенка, давать при ожогах, так чтобы они стали здоровыми, свяжи их листом клевещины» ((рЕЬ 46(11,8- 14)=(IV 214; V 372). И в этом рецепте перемежаются эмпирические знания (использование акации, содержащей таннин) и магической веры (использование материнского молока). Итак, несмотря на доказанную действенность многих лекарств, похоже, что терапия древнеегипетского врача была основана на магическом фундаменте.
Приготовление лечебных средств из отдельных лекарств, бывшее задачей врача, также находилось в русле этой традиции. Оно начиналось с отбора и отмера одного или нескольких лекарств, при этом следовало рецитировать заклинания. Например: «Заклинание для меры hq3.t, т. е. глаза Хора, отмерено, проверено. Исида принесла это своему сыну Хору, чтобы открыть его живот, чтоб он заставил уйти плохое, находившееся в его животе» (рН 213(14,2–4)=(1У 311; V 537) или «Заклинание для меры dbh, к которому прибегают, чтобы отмерить лечебное средство. Что качается этой меры dbh, которой я отмеряю это лечебное средство, то это мера dbh, которой Хор измеряет свой глаз. Он был проверен и найден здоровым. Следует отмерить это лечебное средство этой мерой dbh, чтобы с его помощью заставить уйти все болезни, находящиеся в этом животе» (рН 212(13,17–14,2)=(IV 311; V 536). Нельзя точно определить, какие количества скрываются за названиями мер hq3t и dbh. Возможно, речь идет о мерах «ведерко» (320 ро) и «гин» (32 ро). 1 ро соответсвовал 14 мл (полный рот). Стилизованный «исцеленный глаз Хора», представляющий намерение египетских египетских врачей восстановить больного как единство (ср. модный сейчас «холистический» подход к терапии), играл при указаниях мер решающую роль. Дроби, а именно 1/2, 1\4, 1/16, 1/32, 1/64 в основном содержатся в рецептах с указанием меры, составляющих около 60 % всех рецептов. Например: «Ягоды винограда 1/8, «резиновая» смола 1/16, растение 3ms — 1/8, мед 1/16, 33 (балдриан?) 1/16; измельчить, съесть перед отходом ко сну" (рЕЬ 172 (34, 19–21)=(IV 150). В подавляющем большинстве рецептов, как в этом случае, даются лишь относительные пропорции, так что у нас отсутствуют указания на дозировку лекарств.