Особенность охотской культуры заключается в том, что она в обилии оставила костяные орудия. На стоянках охотской культуры находят предметы, сделанные из кости кита, сивуча, тюленей, от крупных — лопат, гарпунов с острием из камня — до мелких, таких, как игольники. По технике обработки кости часть находок идентична с орудиями, которые в тот период производились в северной зоне Тихого океана — на о-ве Сахалин, в районе Берингова моря.
Встречаются стоянки, где одновременно обнаруживаются керамические сосуды культуры сацумон и предметы охотской культуры. Существовало взаимопроникновение и взаимовлияние культур сацумон и охотской, в одном и том же районе проживали люди двух культур. Однако примерно в конце XII — начале XIII в. охотская культура исчезла. Обогатив культуру местного населения, она влилась в общий поток развития культуры Хоккайдо.
Этот процесс прослеживается не только через археологический материал. Он отражен и в ряде фольклорных преданий айнского народа
В процессе интеграции локальных культур на Хоккайдо и на основе преемственности культур к XIII–XIV вв. окончательно сформировалась культура айнов Хоккайдо. Она характеризуется исчезновением керамической посуды и повсеместным распространением здесь привозных металлических котелков. Сходная культура господствовала и в северо-восточных районах о-ва Хонсю. Однако к югу от этих районов ее влияние уменьшалось. Здесь она сталкивалась с культурой японцев, которые уже с VII–VIII вв. начали проявлять агрессивность в своем продвижении на север. Поэтому когда японские исследователи говорят о взаимодействии культур Хоккайдо и Хонсю, то, как нам представляется, под этим следует понимать постепенную японизацию культуры племен северо-восточных районов о-ва Хонсю, через которых влияние японской культуры проникало и на Хоккайдо.
Говоря об айнах, живших некогда на Хонсю, разумеется, нельзя полагать, что их культура была полностью идентична культуре айнов Хоккайдо. Как, например, нынешние енисейские кеты представляют собой лишь малый северный отросток существовавшей некогда большой группы кетоязычных народов (коттов, аринов, асанов), которые еще в начале XVIII в. населяли юг Сибири и обладали каждый своими языковыми и культурными особенностями, так же и многочисленные айнские племена с разными диалектами и вариантами культуры жили в разных частях Японии, и лишь самые северные из них влились в состав населения Хоккайдо. Племенная дробность населения Хонсю нашла свое отражение в очень большом числе локальных вариантов культуры дзёмон.
Ко времени появления на японских островах носителей энеолитической культуры яёй, наиболее прямых предков современных японцев, культура айнов находилась все еще на неолитической ступени развития. Основу их хозяйства составляли охота, рыболовство, лесное и прибрежное собирательство; домашних животных, кроме собаки, они совершенно не знали, а земледелие если и знали, то лишь в самой примитивной форме. Это не помешало им создать своеобразную и богатую культуру, которая оказала известное влияние и на японцев. Особенно большую роль сыграли айнские элементы позднее в формировании самурайства в северных районах Японии. Есть основания думать, что именно от айнов японцы заимствовали также обычай «харакири» и ряд элементов синтоистского культа [Арутюнов, 1957]. Еще в начале VIII в. вся северная половина о-ва Хонсю была айнской страной. Отношения между айнами и японцами в основном были враждебными, хотя в известные периоды состояние войны сменялось миром. Японская знать и выражавшее ее интересы хэйанское правительство стремились к покорению севера любым путем, тем более что героически сопротивлявшиеся айны представляли собой опасных противников и японские войска не раз терпели от них жестокие поражения. Сохранившиеся исторические документы показывают, что многие айнские вожди наделялись придворными титулами и правительство стремилось привлечь их на свою сторону. С другой стороны, эти северные окраины привлекали большое число японцев, бежавших от феодального гнета, которые выступали вместе с аинами и даже становились организаторами сопротивления айнов правительственным войскам.