После этого, на основании определения грамматических референтов иероглифов и отдельных переменных и полупеременных знаков, на следующем этапе уже не составило особого труда предположить общий смысл основных типов предложений (их оказалось пять), в которых члены предложения комбинировались в достаточно жесткой последовательности: сказуемое – дополнение – подлежащее – определение – обстоятельство.
Далее наступал черед работы со словарями, постепенного наращивания количества читаемых знаков и доказательства правильности этого чтения путем перекрестного чтения.
Таким образом, дешифровка письма майя состояла в выявлении типа письма, определении функций знаков, грамматических референтов, корневых и служебных морфем, установлении чтения основного состава знаков и доказательства этого чтения путем перекрестного чтения. Со всем этим прекрасно справился Кнорозов в комнатушке-пенале Института этнографии народов СССР. Затем последовало чтение и перевод трех рукописей майя.
Итак, в начале 50-х годов письмо майя было прочитано. Первая публикация о результатах дешифровки была осуществлена в 1952 году. Успех молодого ученого даже объединил на время Толстова и Токарева, которые добились перевода Кнорозова на работу в Кунсткамеру – в то время ленинградское отделение Института этнографии АН СССР. Предстояла защита кандидатской диссертации в качестве соискателя. Однако вновь возникли проблемы.
Дело в том, что в вопросе об индейцах майя марксистская догма имела в своем распоряжении лишь мнение Энгельса об отсутствии государств в доколумбовой Америке. Вместе с тем, согласно той же догме, фонетическое письмо могло существовать только при возникновении классовых государственных образований. Заявление о наличии у майя фонетического письма автоматически предполагало опровержение положений Энгельса, что могло повлечь за собой самые неожиданные последствия. Тема диссертации звучала нейтрально: «„Сообщение о делах в Юкатане“ Диего де Ланды как этно-исторический источник». Однако в качестве основной задачи ставилось доказательство наличия государства у индейцев майя и затем обоснование присутствия фонетического письма. Как рассказывал сам Юрий Валентинович, он шел на защиту и не знал, чем все закончится, допуская даже самое кошмарное – обвинения в ревизионизме марксистского учения и арест. Защита проходила в Москве 29 марта 1955 года и уже на следующий день превратилась в легенду. Выступление Кнорозова на ученом совете, по образному выражению очевидцев, длилось ровно три с половиной минуты, а результатом стало присвоение звания не кандидата, а доктора исторических наук. При этом научный руководитель Токарев оказался единственным, кто проголосовал против присвоения своему ученику сразу звания доктора исторических наук, а первым, кто настаивал на этом, был Толстов.
Защита диссертации по индейцам майя стала научной и культурной сенсацией в Советском Союзе, очень быстро о дешифровке узнали и за рубежом. Казалось парадоксом: ни разу не побывав в Мексике, советский исследователь сделал то, чего не добились многие ученые разных стран, годами проводившие полевые исследования среди майя! Не выходя из кабинета, он дешифровал древнее письмо, основываясь на текстах трех сохранившихся рукописей, что позволило ему впоследствии придумать оборонительную фразу, похожую на известную сентенцию Эркюля Пуаро о «сером веществе»: «Я кабинетный ученый. Чтобы работать с текстами, нет необходимости лазать по пирамидам».
А в действительности ему очень хотелось оказаться в Мексике. Но это было невозможно – он продолжал оставаться «невыездным». Единственной его поездкой за рубеж стало участие в Международном конгрессе американистов в Копенгагене в 1956 году. По настоянию академика А.П. Окладникова Кнорозов был включен в состав советской делегации. С тех пор, вплоть до 1990 года, он уже никуда не выезжал, даже не подозревая о приходивших на его имя многочисленных приглашениях. Зарубежные ученые некоторое время недоумевали по поводу отказа коллеги от контактов, но, быстро разобравшись в прелестях советских нравов, потянулись в Ленинград. Среди первых были крупнейший лингвист Дэвид Келли и знаменитый археолог Майкл Ко. Крупнейшие майянисты – как, например, Татьяна Проскурякова – считали за честь присылать ему свои публикации.