19 мая 1606 г. новым царем был «выбран» организатор заговора против Лжедмитрия I, престарелый князь Василий Иванович Шуйский (1606—1610), который при своем вступлении на престол дал московским боярам «крестоцеловальную запись», в которой
В начале июля 1606 г. аналогичная смена власти произошла и в РПЦ: «самозваный патриарх» Игнатий был отрешен от сана, взят под стражу и заточен в Чудов монастырь, а новым архипастырем Русской православной церкви был избран влиятельный владыка, казанский митрополит Гермоген (1606―1612), который был активным противником свергнутого самозванца и сторонником нового царя.
Тем временем на политической арене России появляется новая фигура исторического масштаба — Иван Исаевич Болотников. По данным профессора В.И. Корецкого, в далекой юности он был военным холопом князя Андрея Ивановича Телятевского, во время голода бежал от своего господина к донским казакам, затем попал в плен к крымским татарам, которые продали его туркам на галеры, и только после всех этих злоключений он был выкуплен венецианскими купцами и отпущен ими на родину. Возвращаясь в родные пенаты, И.И. Болотников оказался в Путивле, где местный воевода князь Григорий Иванович Шаховской поднял мятеж против Василия Шуйского. Именно ему и боярскому сыну Федору Ивановичу (Истоме) Пашкову мятежный воевода поручил возглавить его повстанческую армию и начать новый поход на Москву.
В июле — августе 1606 г. И.И. Болотников и Ф.И. Пашков разгромили правительственную армию князей Ю.Н. Трубецкого и И.М. Воротынского под Кромами и Ельцом. А в сентябре 1606 г. они разбили царские войска князя Д.И. Шуйского под Калугой и Каширой и, пополнив свои ряды отрядами тульских и рязанских дворян во главе с Исаком Никитичем Сумбуловым и Прокопием Петровичем Ляпуновым, двинулись к Коломне. Здесь состоялась их решающая битва с правительственной армией под командованием трех царских воевод — князей Ф.И. Мстиславского и И.М. Воротынского и боярина М.Б. Шеина, в которой повстанцы одержали вверх и продолжили свое победоносное шествие к столице.
В октябре 1606 г. армия И.И. Болотникова, разбив лагерь в подмосковном селе Коломенском, начала осаду Москвы. Вскоре в лагере повстанцев произошел раскол и в результате сначала П.П. Ляпунов и И.Н. Сумбулов, а затем и Ф.И. Пашков переметнулись на сторону Василия Шуйского. В начале декабря 1606 г. И.И. Болотников потерпел сокрушительное поражение от князя Ф.И. Мстиславского и отошел к Калуге, осаду которой в январе 1607 г. начали правительственные войска.
Тем временем на Руси объявился новый самозванец Илейка Муромец-Горчаков (Илья Иванович Коровин), который объявил себя не существующим сыном царя Федора Ивановича Петром. Под знаменами очередного самозванца князья Г.И. Шаховской и А.И. Телятевский собрали новую армию, которую отправили на помощь И.И. Болотникову. Но в апреле 1607 г. армия «царевича Петра» была разбита и так и не смогла пробиться к Калуге. В результате И.И. Болотников отошел к Туле, где к нему присоединился И.И. Горчаков. В мае 1607 г. царская армия под командованием самого Василия Шуйского начала осаду Тулы, которая завершилась в октябре 1607 г. полным поражением повстанцев. И.И. Горчаков и И.И. Болотников были взяты в плен: первого этапировали в Москву, где после проведенного сыска, «по совету всей земли» он был повешен, а второй был сначала ослеплен, а затем сослан в Каргополь и утоплен здесь в проруби.