Стало совершенно очевидно, что вся страна окончательно раскололась на две части: Ярославль, Кострома, Ростов, Владимир, Суздаль, Вологда, Муром признали власть Лжедмитрия II, а Смоленск, Новгород, Рязань, Нижний Новгород, Казань остались верны Василию Шуйскому. Этот общественный раскол, как и раскол самой элиты, обострился с началом открытой польской интервенции отрядов Я. Сапеги, А. Лисовского и Р. Ружинского, которые в конце 1608 г. захватили Кострому, Ярославль, Углич и другие города Верхнего Поволжья.
В этой ситуации в феврале 1609 г. Василий Шуйский подписал со шведами союзный договор, по которому Россия отказывалась от выгодных условий Тявзинского договора (1595), а шведы направляли для борьбы с тушинцами и поляками пятитысячный корпус генерала Якуба Делагарди. Подписывая этот договор, московское правительство руководствовалось исключительно тем соображением, что личные отношения между польским королем Сигизмундом III и его родным дядькой, шведским королем Карлом IX Ваза были крайне натянутыми, если не сказать враждебными. Но как показали все дальнейшие события, это соглашение стало крупным внешнеполитическим просчетом русской дипломатии, прежде всего, нового главы Посольского приказа окольничего П.А. Третьякова.
Весной 1609 г. русско-шведская армия под командованием Михаила Васильевича Скопина-Шуйского освободила от поляков Старую Руссу, Торопец, Торжок, Кострому, Галич, Ярославль и другие города. В июле 1609 г. М.В. Скопин-Шуйский разбил тушинцев под Тверью, но затем шведы, не получив обещанного жалования, «пустились в разбой».
В сентябре 1609 г. Речь Посполитая начала открытую интервенцию против России, польская армия под командованием польного гетмана С. Жолкевского осадила Смоленск. Одновременно всем польским отрядам, находившимся в тушинском лагере, было приказано оставить самозванца и присоединиться к регулярной армии. Оставшись без военной поддержки, Лжедмитрий II бежал в Калугу, где в конце 1610 г. был убит на охоте его собутыльником и начальником личной стражи, князем Петром Арслановичем Урусовым. В этой ситуации ряд членов тушинской Боярской думы обратились к Сигизмунду III с просьбой прислать на московский престол своего сына Владислава, и в феврале 1610 г. боярин М.Г. Салтыков-Кривой подписал с поляками предварительное соглашение о призвании Владислава на московский престол.
В марте 1610 г. в результате отравления скоропостижно скончался талантливый русский полководец, князь М.В. Скопин-Шуйский, что окончательно лишило правительство его престарелого дядьки Василия Шуйского каких-либо перспектив остаться у кормила власти. В июне 1610 г. русская армия во главе с Дмитрием Шуйским была разбита гетманом С. Жолкевским у села Клушино близ Смоленска. В результате поляки заняли Можайск, Волоколамск и Дмитров, и стали стремительно продвигаться к Москве. В этой критической ситуации под руководством Захария Петровича Ляпунова в Москве вспыхнул новый мятеж, в ходе которого Василий Шуйский был свергнут с престола, насильно пострижен в монахи и заточен в Чудов монастырь.
После свержения очередного царя власть в Москве перешла к так называемой «Семибоярщине» в составе пяти служилых князей и двух старомосковских бояр — Федора Ивановича Мстиславского, Ивана Михайловича Воротынского, Андрея Васильевича Трубецкого, Андрея Васильевича Голицына, Бориса Михайловича Лыкова-Оболенского, Федора Ивановича Шереметева и Ивана Никитича Романова, которая сразу направила гетману С. Жолкевскому новый проект договора о призвании королевича Владислава на русский престол. В августе 1610 г. этот договор был подписан обеими сторонами,
и уже через месяц в Москву был введен польский гарнизон, а свергнутый царь Василий Шуйский и два его младших брата, князья Дмитрий и Иван Шуйские были выданы С. Жолкевскому и отправлены под крепким караулом сначала в Смоленск, а затем под Варшаву, где в Гостынском замке в 1612 г. два старших брата — Василий и Дмитрий нашли свое последнее упокоение.В октябре 1610 г. в Смоленске русская делегация во главе с князем В.В. Голицыным, вовремя переметнувшимся на сторону «Семибоярщины», и тушинским патриархом Филаретом начала тяжелые переговоры с Сигизмундом III на предмет того, чтобы его сын, королевич Владислав при вступлении на русский престол принял православие. Польский король, будучи ревностным католиком, категорически отказался от данного условия, поскольку именно оно полностью рушило все его гегемонистские планы в отношении русских земель. Поэтому, когда «нареченный патриарх» Филарет и князь В.В. Голицын отказались завизировать окончательный вариант договора в польской редакции, они были арестованы и увезены в Смоленск, а затем подо Львов, в имение гетмана С. Жолкевского Каменку.