В марте 1655 и апреле 1656 гг. в Москве состоялись два новых церковных собора, которые не только официально подтвердили главные положения церковной реформы, но и осудили самых ярых идейных противников патриарха. Одни из них, в частности, Даниил и Логин, были лишены духовного сана и отлучены от церкви, а другие — Аввакум и Иван Неронов сосланы на покаяние в дальние монастыри.
Своенравный характер Никона, который всячески подчеркивал верховенство духовной власти над светской, стал раздражать самого царя. Первые признаки охлаждения отношений между двумя «великими государями» проявились уже в 1657 г., кода Алексей Михайлович публично назвал патриарха Никона
Спустя четыре года, в декабре 1664 г. Никон неожиданно для всех вернулся в столицу и из Успенского собора Московского Кремля направил царю послание, в котором заявил о своем возвращении на патриарший престол. Этот вызывающий шаг низложенного патриарха был воспринят крайне отрицательно и по требованию церковных архиереев, спешно созванных на Освященный собор самим царем Алексеем Михайловичем, Никон вынужден был покинуть столицу и вернуться в Воскресенский монастырь. После этого демарша опальный патриарх смирился со своей незавидной участью и согласился отречься от сана, но при условии сохранения за ним трех монастырей и всех «патриарших» привилегий.
Последний акт затянувшейся драмы состоялся в 1666—1667 гг., когда на очередном церковном соборе с участием двух Вселенских патриархов Паисия и Макария, Никон был обвинен в теократизме и повторно отрешен от сана и священства. Последние годы своей жизни опальный патриарх провел в заточении в Ферапонтовом и Кирилло-Белозерском монастырях. При царе Федоре Алексеевиче (1676―1682) он был помилован и ему разрешили вернуться в Воскресенский монастырь, но по дороге в столицу, под Ярославлем в августе 1681 г. бывший патриарх скоропостижно скончался.
В мае 1686 г., сразу после заключения «вечного мира» между Россией и Речью Посполитой, положившего конец многовековой вражде Варшавы и Москвы за обладание исконными русскими землями, константинопольский патриарх Дионисий IV дал согласие на подчинение Киевской митрополии Московскому патриархату, в результате чего эта церковная организация православной церкви Константинопольского патриархата на территории Малороссии, созданная в 1458 г., вскоре после подписания Флорентийской унии по сугубо политическим мотивам, прекратила свое существование.
Церковный собор 1666—1667 гг.,
прошедший под руководством нового патриарха Иоасафа II, стал последним актом раскола в Русской православной церкви, поскольку на нем были приняты два важнейших решения:1) подтверждены все основные постулаты никонианской реформы;
2) всех идейных вождей старообрядчества официально предали анафеме и прокляли как еретиков.
Протопоп Аввакум Петров был лишен сана и сослан в Пустозерск, где затем был сожжен на костре, боярыня Феодосия Прокопьевна Морозова и ее сестра, княгиня Евдокия Прокопьевна Урусова были посажены в боровскую земляную тюрьму, где умерли от голода и пыток, и т.д.