Назначение Иловайского атаманом тесно было связано с коренным преобразованием внутреннего управления войска. Вместо прежней Войсковой Канцелярии, где атаман и старшины распоряжались по своему произволу, по мысли Потемкина, для заведывания всеми внутренними гражданскими делами, учреждено было в 1775 г. «Войсковое Гражданское Правительство», состоявшее из атамана, 2 старшин по назначению и 4 по выбору на один год от войска, с положенным всем им из войсковых доходов жалованья. Этому Правительству подлежали дела: хозяйственные, по приходу и расходу денежных сумм, по промыслам и торговле, а также и по гражданскому судопроизводству, «согласно генеральнаго во всем государстве установлению», с соблюдением данных войску привилегий. Дела военные подлежали неограниченной власти атамана, который считался главным начальником войск. Во главе управления всем войском Донским стоял князь Потемкин.
Этот проект был утвержден Екатериной II 15 февраля и при предложении Потемкина от 18 февраля 1775 г. послан для немедленного приведения в действие войсковому атаману[454]
.Замечательно, что все эти бюрократические нововведения в войске Донском, кажущиеся на первый взгляд рациональными, клонящиеся, по выражению самого Потемкина, «к возстановлению в пределах войска Донского желаемаго, по премудрому ея (Екатерины) намерению, благоденствия», не привились на Дону; по крайней мере, во многих позднейших донских актах по-прежнему упоминается бывшая упраздненная Канцелярия. Видимо, Иловайский, будучи в душе истым казаком, не хотел воспользоваться данными ему неограниченными правами и, считая Потемкина случайным временщиком, каковым он был на самом деле, старался поддерживать старые казачьи устои и оградить самобытность войска от каких-либо нововведений и поползновений фаворитов царицы на старый уклад казачьей жизни.
Подтверждением этому в делах Синода имеются такие донесения воронежского епископа, что атаман Иловайский запрещает ему вмешиваться в духовные дела казачьих приходов, так как причты их определяются с утверждения «казачьяго круга и старшин», и даже набил колодки на протопопа черкасского собора за то, что тот осмелился власть своего архиерея поставить выше «веча», т. е. круга старшин. Этими донесениями сказалось все. Атаман Иловайский не был ни изувером, ни крамольником, напротив, считался человеком просвещенным для своего времени и заботился о насаждении образования на Дону и поднятии его экономического развития. Вскоре после своего вступления в должность он возбудил ходатайство пред Потемкиным о разрешении детям казаков поступать в вновь открытый московский университет. Потемкин принял это ходатайство благосклонно и отвечал: «Попечение о воспитании донских детей приемлю я с признанием и не оставлю с моей стороны прилагать о таковых учащихся к чести и славе войска Донского всегдашнее рачение». (А. Савельев, стр. 95). В 1775 г. 4 донских воспитанника уже поступили в Московский университет. В его управление войском в г. Черкаске в 1790 г. было открыто народное училище (малое), а 2 октября 1793 г. торжественно отпраздновано открытие, в присутствии Иннокентия, епископа воронежского и черкасского, «Главного Народного Училища», типа средних учебных заведений, преобразованное при атамане Платове в гимназию.
Одновременно с учреждением на Дону «гражданского правительства», повелено войсковых старшин и полковников, командовавших в походах полками наравне с установленными по табели военными чинами, производить в штаб-офицерские чины. Тех же старшин, которые впредь будут командовать полками и носить звание полковников, в уважение их службы, считать за уряд младшими пред армейскими секунд маиорами, но выше капитана. Есаулов и сотников «признавать и принимать прилично офицерскому чину».
Некоторые переселенные из Бессарабии ногайские орды жили мирно. Кочуя с места на место, они заняли степи по Манычи и Кагальнику. Имея слабую организацию и всегда голодая, эти орды, подстрекаемые кубанскими, постоянно беспокоили донские станицы. Иловайский решил очистить от них эти степи. По станицам были разосланы грамоты быть всем готовыми к поголовному ополчению с двухмесячным провиантом.