Кольдевей начал раскопки с 36 рабочими, но менее чем через три недели довел их число до 153, так что работы велись интенсивно. Между тем, следовало также позаботиться и о крове для членов экспедиции. С этой целью решили перестроить дом, снятый в Ковайреше, который, по словам Кольдевея, больше походил на хлев. «С хозяином дома, – писал Кольдевей, – я заключил контракт на пять лет. Для надстройки и перестройки дома я пригласил мастеров и ремесленников из Хилле. На втором этаже решено было устроить четыре жилые комнаты и столовую для членов экспедиции, а на первом этаже уже существующие помещения переоборудовать под кухню, комнаты для турецких служащих и т. д.». Так как жара в апреле и мае заметно усилилась, перестройку дома поспешили закончить; в дальнейшем он должен был также защитить и от осадков. Арендованный жилой дом представлял для археологов интерес еще и потому, что был построен владельцем в основном из древних кирпичей, собранных на развалинах Вавилона. На многих из них сохранился оттиск штампа, которым метили кирпичи в царствование Навуходоносора II.
Еще в предыдущие годы англичане Рассам и Лэйярд, проводя краткие раскопки в Вавилоне, обнаружили большое количество табличек и документов. Кроме того, немало их было найдено и во время грабительских, «диких» раскопок, которые вело местное население. Многие из этих письменных памятников попали в Лондон, в Британский музей, где ими начали заниматься ассириологи. Таким образом, ряд фактов, касавшихся построек Навуходоносора, его предшественников и преемников, стал известен еще до раскопок Кольдевея. Важные сведения удалось также извлечь из описаний, содержащихся в трудах античных авторов, которые могли видеть вавилонские постройки своими глазами. Теперь сведения, извлеченные из письменных источников, предстояло согласовать с материалами раскопок.
Относительно наиболее разумного подхода к таким колоссальным раскопкам, как вавилонские, сложились противоречивые точки зрения. Хотя основной, как и прежде, была задача обнаружить главный храм Вавилона с Башней, продолжало оставаться неясным, в какой части города их надо искать. Городище Вавилона представляет собой большую группу холмов, занимающую площадь, равную приблизительно 16 квадратным километрам. Названия, издавна присвоенные арабским населением этим холмам, в ряде случаев несут в себе следы воспоминаний о давно ушедшем прошлом. Например, холм с остатками летнего дворца Навуходоносора в самой северной части городской застройки называется Бабиль. Несколько групп холмов в центре города образуют район Каср. Дальше к югу расположен холм Амран ибн Али, названный по имени исламского святого, похороненного на его вершине. Этот холм высотой 25 метров – самый высокий в Вавилоне; рядом – углубление, арабы называют его Захн, то есть «двор мечети». К востоку от Касра находится небольшая группа красноватых холмов, именуемая Хомера, то есть «Красная».
Опираясь на топографию города и письменные источники, Роберт Кольдевей утверждал, что главный храм Мардука расположен в центре города, под холмом Амран ибн Али. Он предложил вести работы вдоль Дороги процессий, обнаруженной им при раскопках на холмах Каср, так как считал, что именно она ведет к главному храму. Другие исследователи полагали, что руины холма Амран ибн Али – не что иное, как остатки висячих садов, тех самых, которые античные авторы причисляли к семи чудесам света.
Исследование холма Амран ибн Али считалось почти неосуществимой затеей, настолько велики здесь были нагромождения строительного мусора, обломков и песка. За восемь месяцев удалось вынуть и вывезти по узкоколейке свыше 30 тысяч кубометров грунта. В своих отчетах о раскопках Кольдевей писал по этому поводу: «Мы сделали раскоп в центре северной, более высокой части холма Амран и на половине его высоты первым делом соорудили ров для железной дороги шириной 6 метров, глубиной 10 метров и длиной 145 метров. Железная дорога позволила сравнительно легко вывезти груды строительных обломков, расположенные над нею; но все лежавшее ниже пришлось предварительно поднимать на высоту 12 метров и уж потом грузить в вагонетки и откатывать. Одновременно здесь можно было занять сравнительно мало народу. Сначала работало 40, затем 80 человек в день».