Только в 1913 году благоприятный уровень почвенных вод, а он оказался в районе развалин башни на 3,3 метра ниже обычного, позволил провести археологические работы. Раскопки велись с 11 февраля по 7 июня. Руководил ими Роберт Кольдевей. Рабочих было немного. За съемки отвечал архитектор Фридрих Ветцель. Недостаток времени не позволил полностью расчистить поверхность массивного ядра постройки. Тем не менее удалось получить много важных сведений, а главное – установить размеры здания. Фридрих Ветцель писал по этому поводу: «Мы начали копать с северо-восточного угла внешней оболочки из обожженного кирпича, потому что условия местности показались нам тут наиболее благоприятными. Так как расхитители кирпича обычно оставляют обмазку нетронутой, для нас здесь сохранилось самое важное – внешний контур. Копая узкие рвы и короткие туннели, мы последовали дальше вдоль северного торца».
С учетом сложенной из обожженного кирпича оболочки ядра зиккурата, имевшей некогда толщину около 14 метров, а теперь отбитой, получалось, что длина боковых сторон здания составляла от 91,48 до 91,66 метра. При дальнейшем продвижении от юго-западного угла постройки с южной ее стороны была обнаружена лестница шириной 8,2 метра, от которой частично сохранились 18 ступеней. Она начиналась у юго-западного угла. Ров перед южной стеной Башни длиной около 50 метров и шириной около 10 метров соответствовал некогда существовавшей здесь монументальной наружной лестнице. Сама ее кладка исчезла почти полностью, лишь местами сохранились отпечатки кирпичей.
По мнению Ветцеля, ядро сооружения, сложенное из сырцового кирпича, имело квадратное сечение с длиной стороны, равной 61 метру; этот блок, окруженный рвом, заполненным водой, покоился на практически водонепроницаемом ложе из плотно утрамбованной чистой глины. Внутри ложа археологи обнаружили с южной стороны две деревянные анкерные скрепы, а напротив, с восточной стороны, – два соответствующих скрепам отверстия. Оболочка из обожженного кирпича начиналась по меньшей мере на глубине четырех метров ниже нормального уровня почвенных вод. На наружных стенах этой оболочки, сохранившейся в большинстве мест лишь на высоту менее двух метров, имелось обычное для древневосточных построек чередование выступов и углублений. Судя по относительно более высоким остаткам юго-западной боковой лестницы, наружные грани оболочки были отвесными.
Материалов раскопок Вавилонской башни, позволивших получить достоверные сведения только о периметре нижней ее ступени и о самом факте существования ведших на Башню трех наружных лестниц, было мало, чтобы перейти к обсуждению вопроса о ее внешнем виде. Пришлось привлечь данные различных письменных источников и описания аналогичных сооружений. При этом мнения исследователей заметно разошлись, что в результате привело к появлению самых разных вариантов реконструкции Башни.
Самым важным, но и весьма спорным источником, способным дать материал для реконструкции Башни, оказалась так называемая «Табличка об Эсагиле», относящаяся к III–II до н. э. Это – поздняя копия, восходящая к тексту из Борсиппы, который был составлен жрецами как тайный документ. В тексте указано, что к нему могут иметь доступ только мудрые, то есть посвященные. Эту найденную в Уруке табличку удалось использовать в дискуссии о реконструкции Вавилонской башни относительно поздно, так как долгие годы она считалась утерянной. Английский ассириолог Джордж Смит опубликовал ее текст еще в 1876 году, не сообщив, однако, никаких данных о том, где хранится сама табличка. В результате долгие годы не удавалось решить многих вопросов, возникших в связи с этим памятником письменности и требовавших сверки с оригиналом. Лишь в 1912 году табличка нашлась в частном владении и в 1913 году наконец попала в собрание Лувра. С этого момента она была взята за основу дальнейших исследований.
Возникает много вопросов, связанных с оценкой примененной в «Табличке об Эсагиле» системы мер. Для пересчета вавилонских единиц измерения и поныне нет твердо установленных принципов, потому что в древности одновременно применялись разные системы счисления. Лишь в результате довольно длительных исследований удалось выяснить, что в «Табличке об Эсагиле» одновременно применены две единицы измерения длины – большой локоть и малый. Между тем, первая попытка реконструкции, сделанная сразу после раскопок Кольдевея, базировалась на пересчете всех приведенных размеров на основе большого локтя и потому оказалась неверной.