Афарей принял в своем доме Нелея – своего двоюродного брата, сына Крефа (Крефея), внука Эола, который жил в Иолке и был изгнан оттуда Пелием. Нелею была отдана приморская часть Мессении на востоке вместе с Пилосом, где постепенно сложилось самостоятельное царство.
Имя Эол достаточно часто встречается в греческих генеалогиях – преимущественно в беотийской части. Отчего путаница не позволяет наверняка сказать, был ли Нелей родственником Афарея. Тем более, что различные версии приписывают Периеру в отцы то Эола, то Кинерта. Родословие Кинерта, пусть и легендарное, можно восстановить достаточно подробно, а вот родословие Эола безнадежно запутано. Скорее всего, родство все же было. Пусть и иным образом, чем указано у Павсания, оно приведено у других авторов: Нелей числится внуком Эола, сыном Сизифа и Тиро (Крефей же – второй муж Тиро). Возможно, Периер вел свое родство от Эола, а Эбал – от Кинерта. По крайней мере, Эбал связывает эпонимов Лаконии и своих потомков – царей Лаконии. Периер же, судя по всему, связан со Средней Грецией и получил права на Мессению только благодаря браку с лаконской царевной.
При Афарее были возрождены культы Великих богинь – с помощью Лика, изгнанного из Афин своим братом Эгеем. При этом культовый центр остался в Андании. Упоминание Эгея позволяет нам сопоставить генеалогии Мессении и Афин и убедиться в том, что они непротиворечивы и хронологически достоверны, поскольку опираются содержат поколение участников похода аргонавтов (А) и поколение участников Троянской войны (Т) отстоящие от поколения Афарея и Эгея на равное число наследников (с "ошибкой" не более, чем на одно поколение между "старшими" и "младшими" участниками каждого исторического события).
Сыновьям Афарея Идасу и Линкею пришлось вступить в схватку с лаконскими героями Диоскурами (их двоюродными братьями, сыновьями Тиндарея, внуками Эбала) и погибнуть. Из их потомства известна только дочь Идаса Клеопатра (от Марпессы, хотя иные источники приводят другое имя жены Идаса – Гилайера), вышедшая замуж за Мелеагра – сына царя Ойнея и героя Калидонской охоты. От их брака (Павсаний ссылается на эпос "Киприи") родилась Полидора, вышедшая замуж за фессалийца Протесилая, героя Троянской войны, который первым высадился на троянский берег. Все связи, как мы видим, образуются со Средней Грецией.
Поскольку после гибели Идаса и Линкея род Афарея по мужской линии прекратился, власть в Мессении перешла к Нестору, сыну Нелея. Хотя, видимо, эта власть была чисто номинальная – Нестор предпочитал находиться в Пилосе и не вмешиваться в дела других городов. Кроме того, образовалось самостоятельное правление сыновей Асклепия, которого древняя генеалогия считает сыном Арсинои, дочери Левкиппа, сына Периера или же Корониды, дочери Флегия, царя Орхомена Беотийского (или Флегия – фессалийского авантюриста и разбойника). Генеалогические предположения вновь связывают одну из ветвей мессенских правителей со Средней Грецией. Но все они не могли бы указать права Асклепия и его потомков на царство. Зато ухаживания Нестора за раненным под Троей Махаоном, сыном Асклепия, говорит о том, что он был ровней Нестору – царем, правителем своей области, а не вассалом. Также в подтверждение царственного статуса Махаона Павсаний приводит в пример его могильный памятник в Герении, а в Ферах – святилище его сыновей Горгаса и Никомаха.
При правлении сыновей Махаона или поколением спустя состоялся поход Гераклидов на Пелопоннес, и потомки Нелея были изгнаны из Мессении. О потомках Асклепия ничего не говорится. Поскольку Асклепий считался помощником Геракла, который излечил его от раны, вероятно, сыновья и внуки Махаона не были затронуты нашествием Гераклидов и правили в своих городах (вероятно, в Герении и Ферах). Павсаний подчеркивает: когда правление Мессенией досталось Гераклиду Кресфонту, древние мессеняне не были изгнаны, а лишь уступили часть своей земли дорянам. Именно поэтому Кресфонту пришлось построить собственную столицу – Стениклеру.