Наиболее заметным объектом агоры является храм Посейдона, упомянутый Павсанием. Он представлен фрагментами архитектурных деталей, включающим метопы 3 в. до н. э. Одна из них, изображает Андромеду, привязанную к скале, и дракона, который ее охраняет. Другая представляет лошадь с огромным витым рыбьим хвостом, которая несет на спине Тритона или Нереиду.
Археологи также раскопали подземную камеру, выложенную прямоугольными каменными блоками, скрепленными железными шпонками. Сверху эта камера перекрывалась двумя рядами тщательно подогнанных плит, на которые помещалась тяжелая крышка весом в полторы тонны. Считается, что это сокровищница (место хранения городской казны), где в 183 г. до н. э. в качестве пленника содержался главнокомандующий Ахейского союза Филопемен. Здесь он был отравлен мессенским полководцем Денократом сотоварищи.
На границе агоры найдены детали дорического храма Зевса Сотера, чью статую Павсаний упоминал при описании Мессены.
К юго-западу от агоры находится святилище Деметры и Диоскуров – здание размерами 24 х 24 м 4– 3 вв. до н. э. с пристройками. Храм был первоначально посвящен культу Геры, впоследствии – Деметре с чертами хтонического божества.
Под полом главного здания было найдено огромное количество терракотовых вотивных табличек и статуэток вперемежку с фрагментами керамики и костями животных. Изобразительный ряд вотивных предметов разнообразен: здесь представлены пиры, скачущие всадники, сидящие или стоящие женские или мужские фигуры, воины, а также три женские фигуры, вероятно, украшавшие фронтоны.
Павсаний указал, что храм Деметры и статуи Диоскуров должны находиться южнее агоры возле Асклепиона. Помимо этого в надписи, найденной в Себастеионе, относящейся к периоду правления императора Тиберия, святилище Деметры указано среди тех зданий, которые подлежали ремонту. В надписи указано, что Марк Каесиус Галл, казначей и пропретор "отремонтировал четыре стои из Асклепиона и фронтоны над Цезарионом".
О наличии здесь святилища Диоскуров говорит найденный археологами щит 4 в. до н. э. с надписью: "Каллипид и его товарищи посвящают Поллуксу".
В Асклепионе практически не найдено посвятительных даров, соответствующих поклонению богу-целителю. Среди археологических находок имеются лишь единичные предметы, свидетельствующие о приношении в храм обычных для Асклепиона предметов – терракотовых копий частей тела, пораженных болезнью. Это, вероятно, подтверждает, что в Мессене Асклепий был прославлен преимущественно не как исцеляющий бог, а как "гражданское божество" – легендарный герой, включенный в генеалогическое древо царей.
Асклипион в Мессене отличается от святилищ такого рода тем, что в данном случае нет никаких признаков врачевания недугов – каких-либо помещений, приспособленных для этого. Павсаний говорит об Асклепионе скорее как о месте хранения предметов искусства. Но найденные здесь вотивные надписи в честь Асклепия и его дочери Гигеи подтверждают идентификацию здания именно как Асклепиона.
Перестройки в храме и в окрестных зданиях происходили и до поздней античности (III в.). В последние десятилетия на IV в. святилище было заброшено.
Большую часть святилища занимают внушительный храм Асклепия и большой алтарь. Храм окружен дорической колоннадой (6х12 колонн) с крыльцом (продромос) и задним крыльцом (опистодромос) – каждая с двумя колоннами. Размеры храма 13.7х27.9 м., его первоначальная высота – около 9 метров. В адитионе (дальней комнате храма) за каменным парапетом стояла статуя бога.
Асклепион состоит из почти квадратного участка размером 71.9х66.7 м. с четырьмя внутренними стоями, обращенными к центру святилища. Северная и южная стои имели по 23 коринфские колонны, поддерживающие антаблемент, состоящий из ионического архитрава и фризов с рельефами бычьей головы, перемежаемыми чашами с цветами. Восточная и западная стои имели по 21 колонне. Внешняя колоннада северной и южной части имели по 14 колонн, восточная и западная – по 13. Вдоль стои были возведены многочисленные статуи – в основном политических деятелей. Считается, что здесь размещалось около 140 скульптур.
Вдоль западного крыла был расположен ряд помещений (oikoi), которые, согласно Павсанию, содержали статуи божеств (с юга на север): Аполлон и Музы, Геракл, Эпаминонд, Фортуна (Тихе), Артемида Фосфорос. Благодаря надписи, начертанной на стеле в передней части комнаты К (самой северной) и датированной 42 г., мы знаем решение сената Мессены о поручении возвести стелу с указом: "возле храма Артемиды". Здесь же была найдена посвятительная надпись в честь Артемиды Фосфорос и Орфии, (II-III вв.).