Цезарь приказал своим людям штурмом взять укрепленный вражеский лагерь. Когорты Помпея, охранявшие его, либо также бежали, либо сдались на милость победителям. Оказавшись в лагере Помпея, солдаты Цезаря обнаружили доказательства крайней самоуверенности сенаторов. На столах были выставлены горы серебряных тарелок, словно в ожидании праздничного пира по поводу неизбежной победы. Палатки были увиты плющом, ложа усыпаны цветами, а кувшины до краев наполнены вином. Но представителям аристократии, отцам и детям знатных римских семей, не суждено было предаться пиршеству в тот день. Эта честь досталась Цезарю и его людям.
На следующий день 24-тысячная армия Помпея сдалась Цезарю: солдаты пали перед ним на землю, слезно умоляя пощадить их жизни. Среди 15 000 погибших на поле брани 6000 были римскими гражданами. По отношению к выжившим врагам Цезарь проявил снисходительность, рассматривая это как первый шаг к исцелению пораженной болезнью республики. Он также простил представителей знати, сражавшихся против него. Многие из них, однако, бежали в надежде найти безопасное место, где можно было бы прийти в себя. Помпей воссоединился со своей женой и отправился с Кипра в Египет, где намеревался искать прибежища. Но что, если ему удастся собрать там новую армию и в будущем вновь бросить вызов Цезарю? Цезарь не мог этого допустить и решил преследовать его. Однако стоило Помпею ступить на берег в Александрии, как он был убит. Влиятельный евнух при дворе египетского фараона посчитал, что лучшим способом добиться расположения Цезаря будет лишить жизни его противника. Но его рассуждения были в корне неверны. Когда Цезарь взглянул на отсеченную голову своего бывшего союзника и друга, а затем на его печатку, изображавшую льва, держащего в лапе меч, то у него на глазах выступили слезы. Воистину великий гражданин Рима не заслуживал такой жалкой смерти.
Хотя битва при Фарсале решила судьбу гражданской войны в пользу Цезаря, ему предстояло еще совершить походы в Африку и Испанию, для того чтобы окончательно подавить очаги сопротивления сенаторов. По возвращении в Рим в 46 г. до н. э. Цезарь устроил себе четырехкратный триумф, его ветераны получили пожизненное жалованье, а каждому жителю Рима в подарок выплатили небольшую сумму денег. В период 49-44 гг. до н. э. Юлий Цезарь четырежды получал звание консула и четырежды — диктатора. Пользуясь властными полномочиями, которые эти должности ему давали, Цезарь исполнил свои обещания по реформированию республики и восстановил попранные народные свободы. Были введены новые законы, которые включали отмену на год арендной платы за землепользование, взимаемой с ветеранов, а также с городской бедноты по всей Италии и за ее пределами, но это вовсе не означало радикальных, революционных преобразований, которых так боялись консерваторы. Правда, Цезарь не чурался и репрессивных методов. Стремясь исключить чрезмерное усиление черни в будущем, он положил конец практике общественных собраний в публичных местах, если у них не было на то официального разрешения.
Диктатор также увеличил число сенаторов и всадников, расширив их ряды за счет представителей незнатных фамилий. Обязанные Цезарю своим возвышением, эти люди с охотой осыпали его все новыми почестями. В январе 44 г. до н. э. он нарочито отверг предложенный ему титул и корону царя, но культ религиозного почитания и появление прижизненных статуй Цезаря свидетельствовали о том, что он не стал возражать против обожествления собственной персоны. В феврале Цезарь дал согласие занять пост диктатора на постоянной основе, что, в сущности, означало установление автократии, и, таким образом, его можно считать первым римским императором. Похоже, что подлинному реформированию республики на базе взаимодействия с новой сенаторской элитой Цезарь в конечном счете предпочел личные почести, соответствующие его патрицианскому чувству собственного достоинства, и забыл о народных свободах.