3 сентября 1888 г., сменив Л.Б. Вейнберга, С.Е. Зверев утверждается в должности секретаря ВГСК. Усилиями С.Е. Зверева ВГСК отлаживает механизм взаимоотношений с Императорской археологической комиссией (ИАК). В 1900 году в Воронеже создается губернская ученая архивная комиссия (ВУАК). Канцелярия ее помещалась в здании губернского правления. Вначале ВУАК была немногочисленной, но к 1911 году разрослась, и в ней насчитывалось более 150 человек. Непременным попечителем был губернатор, председателем – вице-губернатор. В ВУАК входил практически весь цвет просвещенного Воронежа. В 1902 году вышел в свет первый выпуск «Трудов Воронежской ученой комиссии» под редакцией правителя дел комиссии С.Е. Зверева. Последующие выпуски также выходили под его редакцией. Всего было выпущено четыре «Труда», в которых были освещены не только материалы археологических изысканий по воронежскому краю (в частности, большой интерес представляет статья Е.Л. Маркова «Древние татарские шляхи Воронежской губернии», статья А.И. Мартиновича о раскопках курганов вблизи Хазарского городища и т.д.), но и архивные материалы по истории Воронежа, например, «Челобитная донских казаков о выдаче им в Воронеже царского жалования, корма и питья, не выданного им в Лебедяни». К Звереву как к архивисту стекались все интересующие его материалы о древностях воронежского края, но он прекрасно понимал, что нужны новые археологические материалы.
Душа С.Е. Зверева рвется на волю, на степные просторы и, наконец, он получает весной 1892 года первый открытый лист, за номером 859, дающий ему право на проведение археологических раскопок в деревне Скакун Касторенской волости Землянского уезда Воронежской области. Здесь еще
до приезда С.Е. Зверева местными мужиками были найдены два бронзовых топора и долото. С.Е. Зверев тщательнейшим образом исследовал «Рубленые могилы» и курганы Скакуновские. Находки вместе с подробным отчетом он отослал в ИАК, за что был удостоен искренней благодарности «за добросовестное исполнение возложенного поручения». Впоследствии «Открытые листы» он стал получать регулярно.
По итогам археологических изысканий С.Е. Зверев впервые удостоился высокой чести: принять участие в IX Археологическом съезде, состоявшемся в г. Вильно с 1 по 15 августа 1893 г. Заслуги его оценили, и вскоре, 10 ноября 1893 года Императорское Московское археологическое общество единогласно избрало С.Е. Зверева своим членом-корреспондентом «в знак уважения его научных занятий».
Вдохновленный и воодушевленный, С.Е. Зверев находит клады монет, которые «указывают на торговые сношения древних обитателей Дона с Македонией, Римом, Босфором, Византией и даже отдаленным Самаркандом…» Ему посчастливилось найти бронзовых истуканов близ с. Усть-Мечетки и «буддийского кумира» близ с. Гвазда неподалеку от Бутурлиновки Воронежской губернии, что говорит о «несомненном существовании древних религий и христианства на Дону в X-XII вв.». В дальнейшем он исследует курганы на Лысой горе, могильник у Маяцкого городища, «камень Буил» под Павловском – знаменитое капище язычников, куда приводили на заклание диких быков – туров, буйволов (отсюда и название: Хохляцкая и Русская Буйловки).
В 1911 году вместе с другими членами ВУАК Зверев исследует местность при впадении реки Воронеж в Дон, известную в народе как «Чермный» или «Червленый Яр». Были найдены орудия каменного века, наконечники стрел, остатки плавок древних металлургов, а в Жировском лесу крест-энколпион со старинными славянскими надписями. Об итогах работы в Червленом Яре С.Е. Зверев написал брошюру «Археологические экскурсии на Червленый Яр в 1911 году».
Опираясь на многочисленные источники, он считал, что город Воронеж возник в домонгольский период, то есть в X-XIII веке. Откуда такая уверенность? Стефан Егорович, проанализировав массу археологических раскопок, а также имеющиеся у него летописи, а конкретно родословную великих князей рязанских, пронских и др., берущую свое начало со времен Рюрика, а возможно, и ранее, считал, что город Воронеж, как южная окраина Рязанского княжества, был основан в XII веке. В качестве неоспоримого доказательства он указывал на древние летописи, и в частности, «Сказания родословия», в которых описаны деяния великих рязанских князей.
Оппонентом С.Е. Зверева выступил воронежский историк С.Введенский, который, напротив, считал взгляды С.Е. Зверева на древнюю историю города Воронежа безосновательными, лишенными подкрепления фактическим материалом и пр. Полемика длилась в течение нескольких лет и отняла у С.Е. Зверева много сил. Не утихает она и в наше время.