1484. — Переселение и аресты новгородских жителей, конфискация их земель. Псковские архитекторы начали строить в Москве Благовещенский собор (с 1484 по 1489).
1485. — Михаил Тверской, признавая главенство Москвы, заключает тайный союз с Казимиром IV, польским королём. Иоанн III осаждает Тверь и добивается присоединения Тверской земли к Москве.
1487. — Соглашение между Иоанном III и Ганзой на двадцать лет.
Весной 1487 года состоялся второй большой поход русских против Казани. Попытка хана Али задержать наступление московской армии окончилась неудачей. Среди защитников не было единодушия, и русская партия Казани настойчиво требовала заключения мира. Есть сообщения, что сами казанцы низложили хана Али и выдали его русским: 9-го июля городские ворота были открыты для осаждавших, и русское войско вступило в Казань. На престол вновь был возведён Мухаммед-Эмин, а Иван III в знак своей победы принял титул князя Болгарского.
Видные деятели восточной партии были казнены. Хана Али с жёнами сослали в Вологду, царицу Фатиму, а также братьев Али, царевичей Мелик-Тагира и Худай-Кула, и царевен — в Белозёрскую область, в отдалённый городок Карголом. Перемена режима в Казани озаботила соседние мусульманские государства; оно затрагивало их торговые интересы. Со стороны Ногайского княжества и Сибирского ханства последовал протест. Сибирский хан Ибак (его также звали Иван) писал московскому государю:
«Ты мне брат: я государь мусульманский, а ты христианский. Хочешь ли быть в любви со мною? Отпусти моего брата, хана Али. Какая тебе польза держать его в неволе. Вспомни, что ты, заключая с ним договоры, обещал ему доброжелательство и приязнь».
Ногайское правительство увязывало свой протест с экономическими требованиями, желая облегчения торговых сношений — право свободного въезда в Россию ногайских купцов и право беспошлинного ввоза товаров. Русское правительство отказалось освободить хана Али и изъявило согласие на установление с этими странами торговых сношений лишь при том условии, если в них казнят казанских эмигрантов, сторонников хана Али. Своё требование русское правительство подкрепило арестом одного из ногайских послов; однако в самой Московии сторонников хана Али отнюдь не казнили.
Посмотрим на дальнейшую судьбу казанских пленников. Хан Али скончался в Вологде; одна из его жён по его смерти была освобождена из-под ареста и, согласно обычаю, на ней женился Мухаммед-Эмин. Царица Фатима и царевич Мелик-Тагир провели остаток жизни в Карголоме. Сыновья Мелик-Тагира были крещены с именами князей Василия и Фёдора; из них Фёдор Мелик-Тагирович был в 1531 году наместником Москвы в Новгороде. Царевич Худай-Кул был освобождён из-под ареста и жил в Москве. В 1505 году он крестился с именем царевича Петра Ибрагимовича и женился на сестре Великого князя Василия III, Евдокии Ивановне. Он умер 1523 году и погребён в Архангельском соборе в Москве.
У Худай-Кула было две дочери, обе — Анастасии. Старшая Анастасия была замужем за князем Фёдором Михайловичем Мстиславским, имела сына Ивана Фёдоровича; её внучка Анастасия Ивановна вышла замуж за бывшего Касимовского хана Саин-Булата, крестившегося с именем Симеона Бекбулатовича.
Младшая Анастасия вышла за князя Василия Васильевича Шуйского, имела дочь Марфу Васильевну, которая, выросши, была замужем за князем Дмитрием Ивановичем Вольским.
В эпоху учреждения опричнины потомки ханов Казанских играли видную роль, благодаря своему происхождению; Иоанн IV выдвинул их на первое место среди русских князей, оказавшихся в «земщине»: Симеон Бекбулатович был назначен царём всея Руси, князья И. Ф. Мстиславский и И. Д. Бельский — поставлены во главе земщины в качестве бояр.
Их предкам в 1480-х пришлось, конечно, пострадать, но слой элиты узок, и в конце концов для них всё наладилось. А Великий князь Московский из данника Казанского хана превратился в самостоятельного государя. Дань больше никто никому не платил, остались только торговые пошлины.
1489. — Покорение удмуртов и включение Вятской земли под власть Москвы. Выселение из Вятки «лучших людей». Переселение новгородцев в Москву и в Вятскую землю, а на их место — москвичей, для ослабления духа независимости в Новгороде.
1490. — Собор против новгородских еретиков.
В том же году Москва в союзе с Казанью и Крымом участвовала в войне против Сарайского ханства. Соединённое московско-казанское войско, с отрядом касимовских татар в придачу, совершило удачный поход и отразило нападение сарайского войска на Крымское ханство.
1491. — Первая экспедиция за рудой на Печору.
1492. — Установление дипломатических отношений Московского государства с Турцией. Первая война с Литвой (1492–1494), начатая Иоанном III по случаю смерти Казимира IV. Захват, при поддержке крымского хана Менгли-Гирея, части владений Александра, великого князя Литовского.